رژیم حاکم بر ایران پیوسته تاکید می‌کند که هیچ نقشی در عملیات طوفان‌‌الاقصی نداشته است و فلسطینی‌ها به‌طور کامل این حمله خونین را طراحی و اجرا کرده‌اند. البته برای رژیم ایران که همواره از گروه‌های اسلام‌گرای فلسطینی حمایت می‌کند، طبیعی است که در مقابل رسانه‌ها هرگونه مداخله در حمله حماس به اسرائيل را رد کند.

اما جمهوری اسلامی ایران که از میزان حمایتش از جنبش‌های حماس و جهاد اسلامی آگاهی کامل دارد، می‌داند که پیام مورد‌نظرش به اسرائيل رسیده است. بنابراین، تا زمانی که تهران به همه اهدافش نرسد، سعی می‌کند از هرگونه اظهارنظری که روند کنونی را تغییر دهد، امتناع ورزد.

با این حال، سفر وزیر امور خارجه جمهوری اسلامی ایران به بیروت و اظهاراتش در شبکه خبری «المیادین»، نزدیک به حزب‌الله، مبنی بر اینکه «گشودن جبهه‌های دیگر یک احتمال واقعی است»، پیامی را به همراه دارد که نقش تهران را در این عملیات تا حدودی تایید می‌کند. در حالی که اسرائيل مشغول حمله به حماس بود، تهران سعی می‌کرد در برنامه‌ریزی، تامین مالی، ارسال تسلیحات و رزمایش برای آمادگی به این عملیات، نقش ایفا کند.

پس از فراهم کردن زمینه آموزش‌های نظامی برای فرماندهان گروه‌های شبه‌نظامی در سوریه و لبنان، تهران علاوه بر حمایت مالی قابل‌توجه برای پوشش هزینه‌های آموزش و آماده‌سازی حمله، سلاح، موشک و سایر تجهیزات موردنیاز را در دسترس شبه‌نظامیان قرار داد.

در نتیجه، زمان آغاز عملیات «طوفان‌ الاقصی» به دلایل زیر با اهداف و نیازهای جمهوری اسلامی ایران به این جنگ متناسب است:

• ایران باید روند ترور رهبران، دانشمندان و کارشناسانش را به دست اسرائیل متوقف کند و مانع عملیات خرابکارانه در کارخانه‌ها، پایگاه‌های نظامی و تاسیسات هسته‌ای خود شود.
• پس از شکست عملیات انتقام‌جویانه در ترکیه، قبرس و آذربایجان، ایران به دنبال برنامه‌ریزی برای انتقام‌جویی در داخل اسرائیل است.
• زمان‌بندی عملیات «طوفان‌الاقصی» ناشی از تمایل سپاه پاسداران برای تضعیف تعهد جمهوری اسلامی ایران در قبال عربستان سعودی و چین و دور زدن توافق پکن بود، به‌ویژه پس از آن‌که حوثی‌ها جنوب عربستان سعودی را هدف قرار دادند و شماری از نیروهای ارتش بحرین را کشتند. 
• جمهوری اسلامی ایران آنچه در اجلاس اخیر گروه ۲۰ درباره کریدور اقتصادی هند –خاورمیانه- اروپا اعلام شده است را رد می‌کند، زیرا بر این باور است که این همکاری به تحریم اعراب علیه اسرائيل پایان می‌دهد، در حالی که ایران همچنان در محاصره و تحریم باقی می‌ماند، بدون اینکه بتواند از منافع پروژه کمربند و جاده چین بهره‌ای ببرد.
• تهران معتقد است که بهترین راه برای به چالش کشیدن اعراب، چانه زدن بر سر درگیری‌های حماس با اسرائيل است، حتی اگر این امر به قیمت جان مردم فلسطینی تمام شود یا آنان را به خروج اجباری از غزه وادار کند.
• هدف تهران کنترل تسلیحات فلسطینیان در لبنان، سوریه و فلسطین است و رویدادهایی که در اردوگاه‌های فلسطینیان به‌ویژه در اردوگاه عین‌الحلوه اتفاق افتاد، یکی از نشانه‌های بارز این رویکرد است. البته عملیات نظامی حماس و جهاد اسلامی و اظهار‌ عجز و ناتوانی جنبش فتح، زمینه را برای اینکه تهران تسلیحات فلسطینیان را به کنترل خود درآورد، فراهم می‌کند.
• تهران و تل‌آویو از افراط‌گرایی سود می‌برند. به همین دلیل سعی می‌کنند برای دستیابی به اهداف و منافع‌ خود افراط‌گرایی را ترویج دهند.

از زمان انقلاب ۱۹۷۹ و تاسیس جمهوری اسلامی ایران تاکنون، تهران همواره از آرمان فلسطین در ابعاد مختلف بهره‌جویی می‌کند و با سردادن شعارهای احساسی و انسان‌دوستانه نشان می‌دهد که برای مسئله فلسطین اهمیت قائل است، در حالی که هدف اصلی‌اش از این هیاهو تحقق اهداف داخلی و منطقه‌ای است.

رویکرد جمهوری اسلامی ایران به مسئله فلسطین باعث تضعیف «وحدت ملی فلسطینی‌» شد و اسرائيل از این تحول برای تحکیم اشغال سرزمین‌های فلسطینی استفاده کرد. تهران به اختلاف میان گروه‌های فلسطینی دامن زد، حماس را علیه جهاد اسلامی شوراند و هر دو جنبش را علیه تشکیلات خودگردان و سایر گروه‌های فلسطینی تحریک کرد و با این اقدام، شکاف بین غزه و کرانه باختری را عمیق‌تر کرد.

فلسطینی‌ها به یاد دارند که در سال ۱۹۸۲ هنگامی که یاسر عرفات در بیروت در محاصره قرار گرفت، جمهوری اسلامی ایران برای نجات او دست به هیچ اقدامی نزد، سپس شبه‌نظامیان شیعه وابسته به جنبش امل که با خمینی بیعت کرده بودند، به اردوگاه‌های فلسطینیان تاختند و پناهندگان را قتل‌عام کردند. در گام بعدی، رژیم سوریه ضربه دیگری به وحدت ملی فلسطینی‌ها زد و باعث شد بخشی از جنبش فتح به رهبری ابوموسی انشعاب کند و گروه موسوم به جنبش انتفاضه فتح را تشکیل دهد. این گروه که در سوریه مستقر شد، به اختلاف میان جناح‌های وابسته به سازمان آزادی‌بخش فلسطین دامن زد و وحدت فلسطین را به‌شدت آسیب‌پذیر کرد.

رژیم ایران با ایجاد هیاهو و تکرار شعارهای بی‌پایه و غیرعملی، برای تخریب تفاهم‌های فلسطینیان با طرف‌های مختلف، از‌جمله «پیمان اسلو»، «مذاکره وای‌ریور» و «قرارداد وای پلانتیشن»، تلاش بسیاری کرد و پیامدهای آن برای هیچ‌کس پوشیده نیست.

رژیم ایران، ژانویه سال ۲۰۰۲، برای ضربه زدن به روند هماهنگی‌های امنیتی در فلسطین، یک کشتی مملو از تسلیحات را به سرزمین‌های فلسطینی فرستاد، سپس خود راز آن را فاش کرد. در نتیجه، اسرائیل به‌عنوان بخشی از آنچه «عملیات کشتی نوح» نامیده می‌شد، آن کشتی را در دریای سرخ توقیف و محموله آن را در بندر اشدود تخلیه کرد. نمایش این تسلیحات در تلویزیون‌های جهان به‌ویژه در آمریکا باعث شد یاسر عرفات به همکاری با تروریسم متهم شود. هرچند یاسر عرفات هرگونه دخالت در این پرونده را رد کرد، اما آمریکایی‌ها یاسر عرفات را تحریم و محاصره کردند و این هدفی بود که تهران مدت‌ها برای آن برنامه‌ریزی کرده بود. افزون برآن، رژیم ایران با این اقدام، بهانه‌ای به دست اسرائيل داد تا رهبران فلسطینی را ترور کند.