رئیس مؤسسه پژوهشی حکمت و فلسفه ایران دررابطه‌با ترور محسن فخری زاده گفت که رهبر با او در ارتباط بود و بر روی حفظ امنیت وی به شدت تأکید داشت. زیرا به وی اطلاع داده بودند که او امنیتش را جدی نمی‌گیرد و به همه‌جا می‌رود.

عبدالحسین خسروپناه در مصاحبه‌ای که پایگاه خبری رهبر جمهوری اسلامی از او منتشر کرده، اظهار داشت که فخری‌زاده که با اسم مستعار «محسنی» شناخته می‌شد و من با او جلسات متعددی در زمینه فلسفه علم برگزار کردم. او افزود که فخری‌زاده بارها برای مباحثه با اساتیدی که اصلاً اعتقادی به علوم انسانی اسلامی و دینی نداشتند، جلسه برگزار کرد.

این استاد حوزه در ادامه تأکید کرد که حکمت اقتضا می‌کند که ترور فخری زاده باعث تفرقه بین جناح‌های مختلف سیاسی نشود. ازاین‌رو مجموعه‌های امنیتی تلاش خواهند کرد و این جنایتکاران را دستگیر می‌کنند؛ ولی باید مجموعه‌های امنیتی آن‌قدر قوی شوند که دیگر این رخنه‌ها شکل نگیرد و تروریست‌ها حضور پیدا نکنند.

پیش‌تر، حسین دهقان، مشاور رهبر ایران در صنایع دفاعی با حضور در صداوسیما از یک رخنه امنیتی سخن گفته بود. او گفته بود: «این ترور به دلیل «رخنه و نفوذ و شکاف» در ساختار امنیتی ایران رخ‌داده است.»

از زمان ترور محسن فخری زاده، سناریوهای مختلفی دررابطه‌با ترور او مطرح شده است. از همان ابتدا اکثر مسئولان جمهوری اسلامی نوک پیکان را به سمت اسرائیل نشانه رفتند. بااین‌حال هنوز هیچ شواهدی مبنی‌بر ادعای مشارکت اسرائیل در ترور فخری‌زاده، ارائه نشده است. از سوی دیگر برخی از وجود شکاف امنیتی و انجام ترور از سوی نیروهای نفوذی سخن گفتند که این سناریو نیز هنوز از سوی هیچ منبعی تأیید نشده است.

از هفته گذشته تا امروز، به‌رغم آنکه مسئولان جمهوری اسلامی بارها وعده انتقام سخت و برخورد با عاملان ترور را داده‌اند، هنوز هیچ اقدامی در این راستا صورت نگرفته است.

محسن فخری‌زاده، معاون وزیر دفاع و یکی از مسئولان ارشد برنامه‌های هسته‌ای و موشکی جمهوری اسلامی بود که یک هفته پیش در روز جمعه توسط افرادی ناشناس ترور شد. نخستین‌بار در سال ۱۳۸۳ بود که نام وی در یکی از قطعنامه‌های شورای امنیت در ارتباط با فعالیت‌های اتمی ایران مطرح شد و هفت سال بعد آژانس بین‌المللی انرژی هسته‌ای در گزارشی او را از مدیران برنامه تحقیقات در مورد وسائل انفجاری و فناوری موشک‌های با قابلیت حمل کلاهک‌های هسته‌ای، معرفی کرد.

بنیامین نتانیاهو، نخست‌وزیر اسرائیل دو سال پیش در یک نشست خبری و درحالی‌که در برابر هزاران سند محرمانه‌ای که دستگاه امنیتی و جاسوسی اسرائیل موفق شده بودند از ایران خارج کنند، ایستاده بود؛ خطاب به رسانه‌ها و دولت‌های مختلف جهان گفت نام محسن فخری‌زاده را به خاطر داشته باشید.