با سلطه طالبان بر افغانستان، این گروه در نخستین اقدام خود مانند دور اول حکمرانی‌شان، مدارس را به روی دختران بستند. دانش‌آموزان دختر فقط در مقطع ابتدایی تا کلاس ششم اجازه تحصیل دارند. به همین دلیل، باز هم  مانند دور اول حکمرانی طالبان، مدارس مخفی دخترانه در گوشه‌وکنار افغانستان ایجاد شد تا برای آنانی که به امر طالبان از آموزش محروم شده بودند، زمینه تداوم تحصیل فراهم کند. 

به گزارش روزنامه سیاتل تایمز، موسسه غیرانتفاعی سحر که در سیاتل آمریکا مستقر است، از نهاد‌هایی است که ده‌ها مدرسه مخفی دخترانه را در سراسر افغانستان حمایت می‌کند. این نهاد در دوران جمهوریت نیز در عرصه آموزش فعالیت داشت و تعدادی مدرسه دخترانه، از جمله مدرسه بزرگ شبانه برای دختران در شمال کشور، در افغانستان ساخت.

دکتر سینکی حکیمی، رئیس هیئت مدیره بنیاد سحر، می‌گوید با سلطه طالبان، دختران افغان از آموزش محروم شدند و این ویرانگرترین مسئله برای دختران بود. او می‌افزاید: «به صورت قانونی هیچ کاری از دست ما ساخته نبود تا جلو این تبعیض را بگیریم. بنابراین به فکر مسیر دیگری افتادیم.» 

این نهاد چندین مدرسه مخفی را در افغانستان زیر چتر حمایتی خود قرار داده است. در این مدارس در کنار آموزش مطالب عادی درسی، زبان انگلیسی و مهارت‌های کامپیوتری و نیز روش‌های توانمندسازی زنان، به دختران آموزش داده می‌شود. 

دکتر حکیمی می‌گوید: «این شیوه آموزش متاسفانه راه‌حل کاملی نیست، زیرا دانش‌آموزان در این سیستم شش ماه آموزش می‌بینند. البته تلاش داریم این دوره را بلندتر کنیم. با این حال، این آموزش به دختران هدف و انگیزه می‌دهد و مسلما بهتر از این است که در خانه‌هامانند پرنده‌ای در قفس زندانی باشند.» 

پس از اینکه طالبان مدرسه‌ها را به روی دختران بستند، بنیاد سحر به ایجاد مدارس مخفی رو آورد و تعداد زیادی مدرسه در سراسر افغانستان راه‌اندازی کرد. 

آلی رنار، مدیر اجرایی و مالی بنیاد سحر، می‌گوید: «ما از اواسط ۲۰۲۲ کار خود را برای ایجاد مدارس مخفی آغاز کردیم و هرچند مطمئن نبودیم که بتوانیم این برنامه را پیش ببریم، ولی حالا دارد به خوبی پیش می‌رود.» 

او می‌افزاید: «ما حتی در یک مدرسه ابتدایی دخترانه که تا کلاس ششم دبستان به روی دختران باز است، زمینه آموزش برای کلاس‌های هفتم تا دوازدهم را میسر کرده‌‌ایم.» 

به گفته رنار، مردم به‌شدت از این مدارس استقبال کرده‌اند و زنان زیادی دختران خود را آورده‌اند تا در این مدارس درس بخوانند. 

شمار دیگری از موسسات غیرانتفاعی در آمریکا نیز مانند بنیاد سحر، می‌کوشند از مدارس مخفی دخترانه در افغانستان حمایت کنند. بنیاد پارسا که در واشنگتن مستقر است و یک دفتر هم در کابل دارد، نهاد دیگری است که در این زمینه فعالیت دارد و به کسانی که مدرسه دخترانه در خانه‌ خود دایر می‌کنند، کمک می‌کند. 

مارین گوستاوسون، مدیر اجرایی بنیاد پارسا، می‌گوید: «ما در حال حاضر از مدارس خانوادگی حمایت می‌کنیم و این مدارس بر ارزش‌هایی که طالبان وضع کرده‌اند، استوار است. به همین دلیل، مقام‌های طالبان با مدارس ما مشکلی ندارند. در حال حاضر موسسه پارسا حدود ۳۰۰ مدرسه خانوادگی را تحت حمایت قرار داده و برای آن‌ها کتاب‌های درسی، دفترچه، تخته‌سفید برای نوشتن و سایر وسایل لازم را تهیه می‌کند.»

سیاست‌های محدودکننده طالبان در قبال زنان و دختران در افغانستان، باعث شده است که دختران برای ادامه آموزش، به مدرسه‌های مخفی رو آورند. این روند در دور اول حکمرانی طالبان نیز جریان داشت. با این حال، به گزارش رسانه‌ها، این بار مدارس مخفی دخترانه به صورت گسترده‌تری در سراسر افغانستان شکل گرفته‌اند. سازمان‌های کمک‌رسان و شماری از کشور‌ها نیز از این مدرسه‌ها حمایت می‌کنند. 

گروه طالبان با مطلع‌شدن از وجود مدارس مخفی، به این مدارس هجوم می‌برند آن‌ها را تعطیل می‌کنند، اما گفته می‌شود که بیشتر مواقع، مقام‌های محلی طالبان چشم خود را بر فعالیت این مدارس بسته‌اند و گذاشته‌اند که دختران آموزش خود در این مدارس مخفی ادامه دهند.