«این‌جانب ببرک کارمل به مناسبت سقوط مرگبار و واژگون شدن رژیم فاشیستی حفیظ‌الله امین، این جاسوس سفاک امپریالیسم آمریکا و دیکتاتور جبار و عوام فریب، به شما هموطنان عذاب دیده، مسلمانان مستضعف افغانستان که تا کنون در زیر یوغ جلاد آدمکش و شیاد تاریخ، حفیظ‌الله امین و امینی‌ها قرار داشتید، درود میفرستم و شادباش می‌گویم.»

این جملات، پیام ببرک کارمل، رئیس جدید حزب دموکراتیک خلق افغانستان بود که شامگاه ششم دی ماه ۱۳۵۸ از یک فرکانس خارجی نزدیک به رادیو افغانستان پخش شد. او به این ترتیب ختم حکومت امین و آغاز حکومت خود را به گوش مردم رساند. هم‌زمان با سقوط دولت حفیظ‌الله امین، هزاران سرباز تا به دندان مسلح ارتش سرخ نیز وارد افغانستان شدند و در استان‌های مختلف آن مستقر شدند.

هجوم روس‌ها به افغانستان، واکنش شدید جهانی را در پی داشت. با ورود ارتش سرخ به افغانستان، جیمی کارتر، رئیس جمهوری آمریکا، در یک سخنرانی خود گفت که اتحاد جماهیر شوروی باید به خاطر تجاوز خود بهای مشخصی بپردازد. در فوریه سال ۱۹۸۰ میلادی، زبیگنیو برژینسکی، مشاور امنیت ملی آمریکا، سفری به پاکستان انجام داد. او در منطقه خیبر در نزدیکی مرز افغانستان، یک تفنگ ساخت چین را به سوی افغانستان نشان گرفت که حامل پیام دخالت امریکا در افغانستان بود. به زودی ائتلاف بزرگی در مقابل تجاوز شوروی به افغانستان شکل گرفت. اکثریت کشور‌های غربی، عربستان سعودی، چین و پاکستان به آن ائتلاف پیوستند. جمهوری اسلامی ایران با آن که روابط نسبتا خوبی با شوروی داشت، اما هم‌زمان به مجاهدین شیعه افغانستان و تا حدی هم به مجاهدین سنی کمک می‌کرد. ایران همچنین میزبان میلیون‌ها مهاجر افغان شد که از اوضاع نابسامان کشور خود می‌گریختند. جنگ در سراسر افغانستان شعله‌ور شد. شدت جنگ به حدی بود که جز چند شهر بزرگ افغانستان، شهر و روستایی قابل سکونت نماند. تقریبا تمامی روستا‌ها ویران شده بود و مردمانش یا به شهر‌ها آمده بودند یا به کشور‌های همسایه گریختند و جمع کثیر مهاجران افغان در آن کشورها را رقم زدند. پاکستان میزبان سه میلیون، و ایران میزبان دو میلیون مهاجر افغان شد. با این حال، شدت درگیری‌ها در افغانستان کاهش نیافت. مجاهدین با حمایت‌های جهانی توانستند ابزار‌آلات جنگی بهتری به دست آورند. این امر باعث بن‌بست جنگ در افغانستان شد و روس‌ها و دولت افغانستان به رهبری ببرک کارمل، به این نتیجه رسیدند که به سال‌های طولانی برای خاموش شدن آتش جنگ در افغانستان نیاز است.

با روی کار آمدن میخائیل گورباچف در شوروی، سیاست‌های جهانی این کشور بزرگ دچار تحولات بزرگ شد. گورباچف حتی قبل از تکیه زدن به کرسی ریاست جمهوری شوروی، مخالف حضور نیرو‌های آن کشور در افغانستان بود. به همین دلیل در آغاز حکومتش به افغان‌ها فهماند که آماده خروج نیرو‌های ارتش سرخ از افغانستان باشند. او همچنین رهبری را در افغانستان نیز تغییر داد و در آوریل ۱۹۸۶ ببرک کارمل از قدرت کنار رفت و دکتر نجیب‌الله به کرسی رهبری حزب دموکراتیک خلق افغانستان و ریاست جمهوری تکیه زد. دکتر نجیب‌الله تمامی برنامه‌های پیشین و دورنمای سیاسی حزب دموکراتیک خلق افغانستان را کنار گذاشت و با راهبردی معتدل، سیاست مصالحه ملی را در پیش گرفت و بخش عمده‌ای از زندانیان سیاسی را نیز آزاد کرد. دولت گورباچف نیز روند خروج نیرو‌های ارتش سرخ را از افغانستان آغاز کرد. نخستین بخش نیرو‌ها در آوریل ۱۹۸۸ از افغانستان خارج شدند و تا فوریه سال ۱۹۸۹ تمامی نیرو‌های روس از افغانستان بیرون رفته بودند. هم‌زمان با آن، سازمان ملل متحد تلاش‌ برای حل مسالمت‌آمیز بحران داخلی افغانستان آغاز کرد. این تلاش‌ها اما از سوی مجاهدین افغان با سردی استقبال شد و آتش جنگ همچنان شعله‌ور باقی ماند. مجاهدین که فکر میکردند با خروج روس‌ها از افغانستان در کمتر از شش ماه سراسر کشور را تصرف خواهند کرد، مجبور شدند تا برای رسیدن به آن آرزو در حدود چهار سال نیز به نبرد خود ادامه دهند. تنها زمانی که دولت روسیه که خود دچار بحران اقتصادی بود، تمامی کمک‌هایش را به افغانستان قطع کرد، زمان افول قدرت دکتر نجیب‌الله فرا رسید.

علی‌رغم آن که سازمان ملل متحد توانست یک توافق نصف و نیمه برای انتقال مسالمت‌آمیز قدرت از دکتر نجیب‌الله به مجاهدین تنظیم کند، اما فرماندهان مجاهدین که بیشتر شهر‌های افغانستان را تصرف کرده بودند و به پشت دروازه‌‌های کابل رسیده بودند، منتظر انتقال قدرت نشدند و از هرگوشه‌ای وارد کابل شدند. در هشتم اردیبهشت سال ۱۳۷۱ حکومت افغانستان که در افکار عمومی به عنوان یک حکومت کمونیستی شناخته می‌شد، ولی در واقع یک نظام دموکراتیک ملی با مواضع و اقداماتی دموکراتیک - سوسیالیستی بود، سقوط کرد و مجاهدین پس از چهارده سال جنگ علیه دولت، توانستند بر اریکه قدرت تکیه بزنند. اما عدم انسجام و اختلاف‌های شدید میان گروه‌های مختلف جهادی، باعث شد تا نوعی حکومت ملوک‌الطوایفی در سراسر افغانستان شکل بگیرد. کابل نیز عرصه تاخت و تاز گروه‌های مختلفی شد که در هر گوشه‌ آن شهر سنگر گرفته بودند و در ظرف چهار سال، از آن شهر آباد ویرانه‌ای بیش باقی نماند. 

جنگ میان گروه‌های مجاهدین همچنان ادامه داشت، تا در پاییز سال ۱۳۷۵ «طالبان» طومار همه گروه‌های جهادی را در هم پیچید و گروه‌های مختلف آن را از افغانستان برچید و جز جغرافیای کوچکی در شمال افغانستان، دیگر نقاط آن کشور به تصرف طالبان در آمد.