به دنبال اعتراض علی‌مطهری به دلایلی که منجر به رد صلاحیت او برای شرکت در انتخابات مجلس شده بود، او در نامه‌ای «سرگشاده» به آیت‌الله علی ‌خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی ایران، از او خواست که برای بررسی عملکرد شورای نگهبان، هیاتی را مامور کند. 

در نامه سرگشاده آمده است: «پیشنهاد می‌کنم حضرت عالی هیئتی را مامور نمایید تا عملکرد شورای نگهبان در بررسی صلاحیت نامزدهای مجلس یازدهم را بررسی کنند و مشخص نمایند چه تعدادی از نامزدها صرفاً به خاطر اظهارنظر رد صلاحیت شده‌اند و چه تعدادی براساس اسناد و مدارک غیرمعتبر و چه تعدادی به دلیل عدم احراز صلاحیت اگرچه افراد صالحی بوده‌اند، و نتیجه را به جناب‌عالی و در صورت صلاحدید به ملت اعلام نمایند. قطعاً این امر باعث خواهد شد که این رویه اصلاح و حداقل از آسیب‌های آن کاسته شود. برای آن رهبر حکیم و فرزانه تداوم توفیقات الهی را از خدای متعال خواستارم.»

علی مطهری در روز سه‌شنبه ۱۶ اردیبهشت ماه‌، در نطق تند میان دستور خود در جلسه علنی مجلس، گفت که «شورای نگهبان باید تجدید نظری در رفتار خود داشته باشد.» او همچنین ناکارآمدی مجلس را به «عوامل خارجی» ربط داد که از فحوای اظهاراتش می‌توان آن را به عملکرد شورای نگهبان نسبت داد. 

او در اظهارات خود گفت که نماینده مجلس نماینده «نظام» نیست، بلکه نماینده «مردم» است:‌ «بعد می‌گویند مجلس ناکارآمد است. خب نمی‌گذارند ما کارمان را انجام دهیم. لازم است مجلس یازدهم این مسئله سیاست‌های کلی را برطرف کند، چرا که مجلس بسته می‌شود. این سیاست‌ها همچون قانون اساسی و یا متمم قانون اساسی نیست. به مسئله آزادی بیان و حقوق ملت اهمیت بدهید. شما نماینده کل مردم ایران هستید نه صرفا افرادی که به شما رای دادند. شما نماینده نظام نیستید. برخی به اشتباه فکر می‌کنند که نماینده نظام هستند، در صورتی که شما نماینده مردم هستید. اگر تزاحمی میان حق نظام و حق مردم پیدا شد، باید ببینید حق با کدام طرف است. این‌که به بهای حفظ نظام حقوق افراد ضایع می‌شود، شما نباید بی‌تفاوت باشید.»

روزنامه کیهان، روز چهارشنبه ۲۴ اردیبهشت ماه، در نوشته‌ای با عنوان «علی مطهری اگر جرات دارد علت رد صلاحیت خود را بیان کند» این نماینده رد صلاحیت شده را دعوت به مطرح کردن آنچه کرد که پشت‌ درهای بسته شورای نگهبان گذشته بود. 

او در پاسخ گفت: «آنچه که به بنده به عنوان دلیل رد صلاحیت گفتند، سه چیز بود: یکی این که چرا گفته‌اید «نهم دی اگر موجب تفرقه شود دیگر یوم‌الله نیست بلکه یوم‌الشیطان است.» گفتم درست است، الان هم همین را می‌گویم. دیگر این که گفتند «چرا گفته‌اید ما با آقای ابراهیم یزدی رفتار خوبی نداشتیم؟» گفتم هنوز هم همین را می‌گویم، نیازی نبود آن پیرمرد را بازجویی و زندانی کنیم. سوم این  که گفتند چرا درباره رفع حصر خانگی محصوران صحبت کرده‌اید؟ شما باید بگویید نظر من بر رفع حصر بوده، ولی وقتی نظر رهبری را شنیدم نظرم عوض شد. گفتم اولاً من دروغ نمی‌گویم. ثانیاً خود مقام رهبری گفته‌اند ممکن است کسی نظری مخالف نظر من داشته باشد، باید آزاد باشد حرفش را بزند.»

علی مطهری در نامه سرگشاده خود، به خامنه‌ای یادآوری کرده است که حضور او در شورای انقلاب مرهون انتخاب پدرش آیت‌الله مطهری بوده است: «حضرت‌ عالی اساساً به روشنفکری به معنی صحیح آن مشهور بوده‌اید. به یاد دارم زمانی که آیت‌الله مطهری پس از گذشت چندی از پیروزی انقلاب نام جناب‌عالی را در عداد اعضای شورای انقلاب قرار دادند، چند نفر به آن شهید اعتراض کردند که ایشان روشنفکر است. آنها روشنفکری به معنی درست آن را نیز منفی می‌پنداشتند. امروز همین تیپ افراد به گونه‌ای رفتار کرده‌اند که شعار احترام به آزادی‌های انسانی انقلاب، خصوصاً آزادی بیان را کمرنگ جلوه داده‌اند. لهذا باید با این آفت که متأسفانه توسط برخی دوستان انقلاب پدید آمده است، مبارزه کرد.»

او در خصوص نحوه ردصلاحیت‌های انجام شده توسط شورای نگهبان با ذکر این که این مسئله‌ای شخصی نیست، گفت: «باید بخش اعظم انتخاب را به عهده مردم بگذاریم نه به عهده شورای نگهبان. همین که کسی قانون اساسی را قبول دارد و فساد مالی و اخلاقی ندارد و شرایط عمومی انتخاب‌شوندگان را نیز داراست، باید بتواند کاندیدا شود. مردم خودشان به افراد ناصالح رای نمی‌دهند. اجازه ‌دهیم مردم با انتخاب آزاد رشد اجتماعی پیدا کنند. این که افراد زیادی به دلیل عدم احراز صلاحیت به خاطر نقص اطلاعات یا کمبود زمان بررسی شورای نگهبان رد صلاحیت می‌شوند، موجب راه نیافتن ده‌ها فرد اصلح به مجلس و از سوی دیگر موجب رواج تظاهر و ریا و تملق و چاپلوسی برای تایید صلاحیت در آینده شده و می‌شود.»

او همچنین افزود: «مجلس جایی است که همه اقشار جامعه حتی قشر سهل‌انگار نسبت به دین باید در آن نماینده داشته باشند، زیرا مجلس نماینده کل ملت است نه نماینده یک قشر خاص، و البته ایمان اسلامی مردم همیشه باعث می‌شود که مجلس یک اکثریت قابل توجه معتقد به اسلام و انقلاب و نظام جمهوری اسلامی داشته باشد.»

علی مطهری همچنین افزود که به عضو حقوقدان شورای نگهبان گفته است، متاسف است که آنها با این طرز فکر عضو شورای نگهبان هستند: «بعد به آن حقوقدان شورای نگهبان گفتم من متاسفم که شما با این طرز فکر عضو شورای نگهبان هستید. حیف خون شهید مطهری که به زمین ریخت تا من امروز این حرف‌ها را از شما بشنوم؛ بنابراین آنچه که به بنده برای دلایل رد صلاحیت گفتند همین بود و البته اگر به آن حقوقدان شورای نگهبان می‌گفتم «درست می‌فرمایید، من اشتباه کردم»، قطعاً صلاحیت من تأیید می‌شد، ولی من پا روی اصول نگذاشتم و نخواستم این رویه غلط یعنی رد صلاحیت، به خاطر اظهارنظر ادامه پیدا کند و این بلا به سر دیگران نیز بیاید.»

در پاسخ به اظهارات و شکایت علی مطهری در خصوص نحوه ردصلاحیت خود و دلایلی که در شورای نگهبان برای آن ارائه شده است، وزارت کشور در نامه‌ای به مجلس نوشت: «در جلسات متعدد همچنین در مواجهات با رسانه‌ها اعلام کردیم که اقدامات وزارت کشور در این خصوص تماما مستند به قانون و با رعایت موازین و اعلام نظر صریح در مواضع کارشناسانه بوده و مستندات موجود به مراجع رسمی به ویژه مجلس ارائه شده است.»

وزارت کشور همچنین از مطهری خواست که برای ادعاهای خود مدرک ارائه کند: «ادعای جناب آقای مطهری نیازمند اثبات و ارائه دلیل و مدرک است. از ایشان می‌خواهیم مدارک و اسناد مثبته ادعای خود را ارائه کنند در غیر این صورت به منظور صیانت از خدمات و زحمات خدمتگزاران ملت در وزارت کشور، ناچار به پیگیری حقوقی موضوع از مراجع صالحه خواهیم بود.»