باوجود نتیجه مثبت تحقیق اخیر، ملاتونین عوارض جانبی هم دارد و می‌تواند موجب سردرد، سرگیجه و حالت تهوع شود. همچنین ممکن است با برخی داروها تداخل داشته باشد و در صورت مصرف هم‌زمان با رقیق‌کننده‌های خون، خطر خونریزی را افزایش دهد