۲۲ بهمن سال ۱۳۵۷، زمانی که انقلاب اسلامی به رهبری آیت‌الله خمینی در ایران به پیروزی رسید، ۹ ماه از پیروزی آنچه دولت وقت افغانستان «انقلاب شکوهمند ثور» می‌خواند، گذشته بود. دولت افغانستان تا آن زمان با مشکلی آنچنانی روبه‌رو نشده بود و احزاب جهادی نیز هنوز به آن شکل فعالیت جنگی خود را در افغانستان آغاز نکرده بودند.
دولت افغانستان به انقلاب اسلامی ایران به دیده تحسین می‌نگریست زیرا خمینی را ضدامپریالیسم و ضدکاپیتالیسم می‌دانست و مهم‌تر از همه فکر می‌کرد که چون حزب توده ایران که یک حزب مارکسیست طرفدار روسیه بود از انقلاب اسلامی حمایت می‌کند، بنابراین باید انقلاب ایران را یک «انقلاب خودی» به حساب آورد.
دولت وقت افغانستان به سرعت و دقیقا یک روز پس از پیروزی انقلاب اسلامی در ایران، دولت موقت ایران را به رسمیت شناخت؛ اما این دلخوشی دیری نپایید. خمینی در نخستین مصاحبه خود، بر «انقلاب ثور» تاخت و با آن از در مخاصمت در آمد.
درست یک ماه و دو روز پس از پیروزی خمینی در ایران، مردم هرات در غرب افغانستان و همسایگی ایران، قیام بزرگی را علیه دولت به راه انداختند. از این قیام که از آن به نام «قیام ۲۴ حوت» (اسفند) یاد می‌شود، تا به امروز هر ساله تجلیل به عمل می‌آید. در آن روز، مردم با دست خالی به سوی نیروهای مسلح دولت هجوم بردند و گفته می‌شود که ۲۵ هزار نفر در این قیام سه روزه کشته شدند.
دولت وقت افغانستان این قیام را نتیجه انقلاب اسلامی در ایران دانست و حتی در تبلیغاتی که برای انحراف افکارعمومی در رابطه با این قیام به راه انداخت، تلاش کرد تا قیام ۲۴ اسفند هرات را کار عُمال جمهوری اسلامی ایران عنوان کند.
با این حال، هرچند رابطه جمهوری اسلامی ایران با شوروی سابق خوب بود اما خمینی تا زمانی که زنده بود، حمایتش از مجاهدان افغانستان را پنهان نکرد. در ششم دی‌ماه ۱۳۵۸، نیروهای ارتش سرخ روس مستقیما به افغانستان هجوم آوردند. دولت شوروی تلاش کرد تا این هجوم را برای جمهوری اسلامی ایران توجیه کند، اما پیام خمینی به سفیر شوروی در تهران این بود: «آن روزی که سفیر شوروی آمد پیش من، گفت که دولت افغانستان خواسته است که شوروی، نظامی به آنجا بفرستد به او گفتم که این اشتباهی است که شوروی می‌کند؛ البته دولت شوروی می‌تواند افغانستان را قبضه کند ولی نمی‌تواند در آنجا مستقر شود. اگر شما خیال کرده‌اید می‌توانید افغانستان را بگیرید و آن را آرام کنید، این خیال باطل است. ملت افغانستان مسلم است، ایستاده‌اند در مقابل حکومت افغانستان، شما هم اگر بروید و هر قدرت دیگر هم برود، آنجا را می‌گیرد اما نمی‌تواند آن‌ها را آرام کند و بالاخره شکست می‌خورد.»
اوج گرفتن جنگ در افغانستان باعث فرار مردم از مناطق جنگی شد. صدها هزار تن از مردم افغانستان از ترس جنگ به کشورهای همسایه گریختند و پس از سوریه، بزرگ‌ترین جامعه مهاجر در سطح جهان را تشکیل دادند. دو کشور پاکستان و ایران، نخستین مقصد مهاجرت افغان‌ها بودند. هنوز هم میلیون‌ها افغان در این دو کشور حضور دارند.
خمینی در سال ۱۳۶۱ در دیدار با بازاریان ایران گفت که مردم افغانستان «مهمان» ما هستند و باید از آنان پذیرایی کرد. به این ترتیب درهای جمهوری اسلامی ایران به روی مهاجران و مجاهدان افغان گشوده شد. دولت به رهبری خمینی، حمایت مستقیم خود از جهاد افغانستان را نیز آغاز کرد. خمینی به سپاه پاسداران ایران دستور داد تا به مجاهدان افغانستان کمک کند. البته بیشتر این کمک‌ها به احزاب جهادی شیعه‌مذهب داده می‌شد؛ اما احزاب سنی که بیشتر در پاکستان حضور داشتند، هم در جمهوری اسلامی ایران نمایندگی‌هایی ایجاد کرده بودند. دولت ایران تلاش کرد تا احزاب هشتگانه اهل تشیع را یکدست کند. نخستین بار در سال ۱۳۵۸ ائتلافی به حمایت جمهوری اسلامی ایران میان احزاب هشتگانه شیعه ایجاد شد، اما به‌دلیل اختلاف‌ها، زیاد دوام نیافت؛ تا اینکه در سال ۱۳۶۶ «حزب وحدت ملی» ایجاد شد.
با این حال، حمایت جمهوری اسلامی ایران از مجاهدان افغان تا پیروزی آنان همچنان ادامه داشت. با پیروزی مجاهدان و آغاز جنگ‌های تنظیمی میان احزاب جهادی، جمهوری اسلامی ایران مستقیما وارد مجادلات شد و تلاش کرد تا میان مجاهدان آشتی ایجاد کند اما در این رابطه، ناموفق‌تر از پاکستان بود. با روی کار آمدن طالبان در افغانستان، حمایت جمهوری اسلامی ایران از حکومت برهان‌الدین ربانی بیشتر شد. در این زمان، جمهوری اسلامی حتی برای نیروهای جهادی مقاوم در مقابل طالبان، کمک‌های تسلیحاتی نیز می‌فرستاد. طالبان هم با کشتن دیپلمات‌های ایرانی در مزار شریف، عملا راه دشمنی با ایران را در پیش گرفتند؛ تا اینکه پس از حادثه یازدهم سپتامبر و سقوط طالبان، مجاهدان همراه با نیروهای ناتو دوباره بر سر قدرت آمدند. جمهوری اسلامی ایران که دشمن دیرینه خود آمریکا را پشت مرزهایش می‌دید، ناگزیر به‌سوی دشمن قبلی یعنی طالبان، دست حمایت دراز کرد و آنان را موردحمایت قرار داد. این رویکرد همچنان ادامه دارد.
در کل، حمایت جمهوری اسلامی ایران از افغانستان، از وقوع انقلاب اسلامی در بهمن ۱۳۵۷ تا امروز، بر استراتژی‌های سیاسی و نظامی این دولت در منطقه استوار بوده است و بر اساس منافع سیاسی خود از جریان یا نظامی در افغانستان حمایت کرده است. جمهوری اسلامی در حالی که همین حالا حامی طالبان است، اما در کنار آن نمی‌خواهد تا طالبان دوباره به تنهایی به قدرت برسند؛ و به نظر می‌رسد تهران بیشتر خواهان یک نظام مشارکتی در افغانستان است.
