فعالیت هسته‌ای محرمانه ایران در دولت خاتمی افشا شد و در ماه پایانی دولت او بود که از سرگیری غنی‌سازی اورانیوم اعلام شد و از آن پس آژانس هرگز نتوانست ماهیت صلح‌آمیز فعالیت‌های هسته‌ای جمهوری اسلامی را تایید کند