مسعود پزشکیان، رئیس دولت چهاردهم جمهوری اسلامی ادعا می‌کند که با تشکیل کارگروه‌های مشورتی زیر نطر «شورای راهبردی انتقال دولت» افراد شایسته و متخصص را در کابینه‌اش به‌کار می‌گیرد. به‌رغم این ادعا اسامی افراد حاضر در برخی کارگروه‌های مشورتی حوزه‌های مختلف از جمله محیط زیست و میراث فرهنگی با انتقاد کارشناسان این حوزه‌ها مواجه شده است.

شماری از فعالان حقوق کودکان نیز افشا کرده‌اند که دست‌کم یکی از افراد حاضر در کارگروه انتخاب وزیر میراث فرهنگی، به نام زهرا عابدینی عامل اصلی انحلال جمعیت دانشجویی امام علی بوده است.

پس از انتشار غیررسمی فهرست افراد حاضر در کارگروه انتخاب وزیر میراث فرهنگی، مرتضی کی‌منش، مدیر روابط عمومی جمعیت امام علی به طرف مشورت قرار گرفتن زهرا عابدینی در این کارگروه واکنش نشان داد و با انتشار پستی در رسانه اجتماعی اکس نوشت که این فرد از گزینه‌های معاونت امور بانوان رئیس‌جمهور است و در جلسات از نهادهای مدنی به عنوان پشتوانه‌اش سخن می‌گوید.

رضا شفاخواه، وکیل دادگستری نیز با اشاره به حضور زهرا عابدینی در کارگروه انتخاب وزیر میراث فرهنگی، نسبت به شکل‌گیری دولت سوم حسن روحانی هشدار داد.

زهرا عابدینی در دولت حسن روحانی، معاون مشارکت‌های سازمان امور اجتماعی وزارت کشور بود.

پس از دستگیری شارمین میمندی‌نژاد، موسس و کتایون افرازه و مرتضی کی‌منش دو تن از اعضای هیات‌مدیره جمعیت امام علی در تیرماه سال ۱۳۹۹، انحلال این سازمان حامی کودکان محروم و حاشیه‌نشین در دستور کار نهادهای امنیتی جمهوری اسلامی قرار گرفت.

زهرا عابدینی در مقام معاون مشارکت‌های سازمان امور اجتماعی وزارت کشور و به عنوان بازوی اجرایی نهادهای امنیتی این وظیفه را برعهده گرفت و اسفندماه همان سال با پرونده‌سازی و شکایت از دستگاه قضایی خواست که حکم انحلال جمعیت امام علی را صادر کند.

خبرگزاری دولتی ایرنا در همان زمان به نقل از زهرا عابدینی نوشت که جمعیت دانشجویی امام علی «به دلیل انحراف از اساسنامه و عدم تمکین به تذکرات وزارت کشور منحل شد».

بر اساس آیین‌نامه موسوم به «نحوه نظارت بر سازمان‌های مردم‌نهاد»، شورایی متشکل از نمایندگان دستگاه‌های اجرایی از جمله معاونت‌‌های زنان و حقوقی رئیس‌جمهور، سازمان حفاظت محیط زیست، شورای عالی استان‌ها و وزارتخانه‌های کار، ورزش، دادگستری، میراث فرهنگی و کشور بر فرایند تاسیس و فعالیت‌های سازمان‌های مردم‌نهاد نظارت می‌کنند. ریاست این شورا را نیز نماینده وزیر کشور بر عهده دارد.

هنگامی که موضوع جمعیت امام علی در این شورا مطرح شد، زهرا عابدینی به عنوان نماینده وزارت کشور، ریاست این شورا را برعهده داشت و پس از تصمیم انحلال جمعیت امام علی مدعی شد که «بخش‌های زیادی از فعالیت‌های این سازمان ماهیت اجتماعی ندارد و هسته مرکزی آن اقدام‌هایی را انجام‌ داده‌اند که به‌طور مشخص انحراف از اساسنامه بوده است».

زهرا عابدینی جمعیت امام علی را به «تشویش اذهان عمومی، سیاه‌نمایی از وضعیت کشور، نشان دادن چهره غیرواقعی از جامعه و نداشتن شفافیت مالی» نیز متهم کرد.

در نهایت دوازدهم اسفندماه ۱۳۹۹ جمعیت امام علی که عمده فعالیت‌هایش از کودکان و زنان حاشیه‌نشین و محروم بود، منحل شد و بیش از سه هزار کودک تحت‌ پوشش این سازمان پشتوانه‌‌شان را از دست دادند.

زهرا عابدینی نیز در جریان دوازدهمین انتخابات مجلس شورای اسلامی، به عنوان «نامزد میانه‌روها» در انتخابات شرکت کرد.  

او اسفندماه ۱۴۰۳ در گفت‌وگو با سایت انصاف‌نیوز ارتباطش را با انحلال جمعیت امام علی تکذیب کرد و مدعی شد که «پرونده‌ جمعیت در شورای ملی توسعه و حمایت از تشکل‌های مردم‌نهاد بررسی شده و مصوبات شورا درباره این سازمان اجرا شده است.»

درحالی‌که اسناد رسانه‌ای پافشاری عابدینی بر انحلال جمعیت امام علی وجود دارد، او ادعا کرد که «هیچگونه اختیار قانونی در تصمیم‌گیری در مورد این انجمن» نداشته است.

در همان زمان، کانال تلگرامی جمعیت امام علی در یادداشتی با عنوان «صندلی مجلس، پاداش کشیدن صندلی از زیر پای نهاد مدنی» به ادعاهای زهرا عابدینی واکنش نشان داد و تاکید کرد که او نقش «کاتالیزور» نهادهای امنیتی را در ماجرای انحلال جمعیت امام علی ایفا کرده است.