ابراهیم رئیسی در تماس تلفنی با خانواده مهسا امینی، گفت: «من در سفر ازبکستان از این واقعه مطلع شدم و بلافاصله دستور دادم تا بررسی موضوع را به صورت ویژه در دستور کار قرار دهند.» در همین حال پدر مهسا امینی با تکذیب ادعای مقام‌های حکومتی درباره بیماری دخترش، تاکید کرد که مهسا را حین بازداشت «زده‌اند» و با تاخیر بسیار به بیمارستان منتقل کرده‌اند.

مهسا امینی ۲۲ ساله اهل سقز که با خانواده‌اش به تهران سفر کرده بود روز سه‌شنبه ۲۲ شهریور ۱۴۰۱ در حالی که همراه برادرش بود به دست نیروهای گشت ارشاد بازداشت شد و سه روز بعد جان باخت.
بنابر اعلام بیمارستان کسری، پیکر مهسا امینی شامگاه سه‌شنبه ۲۲ شهریور «بدون علائم حیاتی و پس از مرگ مغزی» در حالی از بازداشتگاه گشت ارشاد تهران مشهور به بازداشتگاه وزرا به این بیمارستان منتقل شد و روز جمعه ۲۵ شهریور به طور رسمی مرگ او تایید شد.

ابراهیم رئیسی، در تماس با خانواده امینی به آنها وعده بررسی دقیق پرونده مرگ دخترشان را داد و گفت: «مطمئن باشید این موضوع را از دستگاه‌های مسئول مطالبه خواهم کرد تا ابعاد آن روشن شده و هیچ حقی ضایع نشود.»
رئیسی در این تماس تلفنی در ظهر یک‌شنبه ۲۷ شهریور ماه ۱۴۰۱، به خانواده مهسا امینی گفت: «همه دختران ایران را همچون فرزندان خود می‌دانم، دختر شما همچون دختر خود من است و احساس من این است که این حادثه برای یکی از عزیزان خود من پیش آمده است.»

پایگاه اطلاع‌رسانی ریاست جمهوری اشاره کرده است که در این تماس تلفنی، خانواده مهسا امینی «ضمن تشکر از تماس رئیسی و دستور فوری او برای رسیدگی به حادثه، خواستار پیگیری مساله تا روشن شدن ابعاد موضوع شدند.»

این در حالی است که خود رئیسی در جلسه ۱۴ تیر ماه ۱۴۰۱ شورای عالی انقلاب فرهنگی دستور اجرای کامل مصوبه سال ۱۳۸۴ این شورا به نام «طرح عفاف و حجاب» را صادر کرد، مصوبه‌ای که از نیمه دهه هشتاد خورشیدی مبنای تشکیل «گشت ارشاد» در نیروی انتظامی و برخوردهای خشونت‌بار و بازداشت هزاران زن و دختر به اتهام رعایت نکردن حجاب اسلامی شده است.

علاوه بر این، رئیسی در نشست خبری  خود در  ۸ شهریور ۱۴۰۱ ، نیز از سرکوب زنان دفاع کرد و با تهدید تلویحی زنان گفته بود: «امروز جامعه بر مدار قانون است. هیچ‌کس حق ندارد کار سلیقه‌ای و فراقانونی انجام دهد. ملاک و معیار در جامعه قانون است. احترام به قانون برای همه ضروری است و قانون‌مداری و قانون‌محوری همه مسائل را حل خواهد کرد.»

رئیسی در همین نشست خبری با دفاع از حجاب اجباری گفته بود: «عفیفه بودن زن مسلمانان ایرانی برای امروز و دیروز نیست؛ در تاریخ ایران اسلامی، زندگی زنان این سرزمین همواره همراه با عفاف و حجاب بوده است.»
همزمان امجد امینی، پدر مهسا امینی،  یک روز بعد از خاکسپاری پیکر دخترش، به نقل از دخترها و زنانی که همزمان با مهسا بازداشت شده و در بازداشتگاه وزرا حضور داشتند، اعلام کرد که نیروهای گشت ارشاد دخترش را مورد ضرب و جرح قرار داده‌اند.

امجد امینی، پدر مهسا امینی، در گفت‌وگو با سایت امتداد، گفت: «من قسم می‌خورم که دختر من را از بین بردند. چون خیلی از دخترهایی که همراه مهسا در داخل بودند با من تماس گرفتند و گفتند که او را زده‌اند. من از این بابت مطمئنم.»

پدر مهسا امینی با اشاره به وجود کبودی‌هایی در بخش‌هایی از پیکر دخترش، افزود: «اول من از پزشکی قانونی درخواست کردم که ببیند آثار کبودی روی پاهای مهسا برای چیست، هیچکس جواب نمی‌داد. به هرکس هم که می‌گفتیم به شکلی ما را دست به سر می‌کرد.»

احمد وحیدی، وزیر کشور دولت رئیسی، روز شنبه با این ادعا که «تاکنون گزارشی درباره ضرب و شتم مهسا امینی از سوی نهادهای نظارتی ارائه نشده است»، گفته بود: «نیروهای گشت ارشاد باتوم یا وسیله‌ای برای ضرب و شتم در اختیار ندارند.»

وزیر کشور همچنین مدعی شده بود که«بلافاصله» پس از وخامت حال مهسا امینی در بازداشتگاه وزرا، پزشک بازداشتگاه در محل حاضر شده و نیروهای اورژانس هم خیلی زود رسیده‌اند و پیکر مهسا را به موقع به بیمارستان منتقل کرده‌اند.

این در حالی است که پدر مهسا امینی روز شنبه همه این موارد را رد کرد و با تاکید بر اینکه دکترها گفته‌اند که مهسا باید زودتر از بازداشتگاه وزرا به بیمارستان منتقل می‌شد، گفت: «از دکترها و کادر بیمارستان که سوال کردم، گفتند که اگر زودتر می‌رسید، شاید می‌توانستیم کاری کنیم. حداقل خون به مغزش می‌رسید. بخدا این کارها را برای دخترم انجام ندادند.»

پدر مهسا امینی با بیان اینکه وقتی مهسا داخل بازداشتگاه وزرا بردند، «دو ساعت طول کشید تا مهسا را به بیمارستان منتقل کنند»، افزود: «اگر زودتر او را به بیمارستان می‌بردند به این مرحله نمی‌رسید.»

امجد امینی با اشاره به اینکه وقتی مهسا را از بازداشتگاه وزرا به بیمارستان می‌بردند «حتی یک نفر را هم با همراه مهسا نفرستادند که او را تحویل دهد»، گفت: «پرستاران می‌گفتند که ما همه‌اش فکر می‌کردیم که چطور خانواده‌اش را در جریان بگذاریم؟ نه شماره تماسی، نه همراهی.»

به گفته امجد امینی، نیروهای گشت ارشاد و مسئولان بازداشتگاه وزرا، حتی به خانواده مهسا اطلاعی درباره انتقال او به بیمارستان نداده بودند تا اینکه برادر مهسا، نیم ساعت بعد او را در بیمارستان پیدا کرد و تازه آن وقت بود که خانواده مهسا خبردار شدند که او را از بازداشتگاه به بیمارستان منتقل کرده‌اند.

امجد امینی گفت: «اگر پسرم نبود، دخترم گم می‌شد یا اینکه من اصلا چطور او را پیدا می‌کردم؟ این پاسگاه(بازداشتگاه وزرا) حتی یک نفر را همراه دخترم نفرستاده بود که آقا، حداقل این جسد یا مریض را تحویل بگیرید و یا به خانواده‌اش اطلاع دهید.»

امجد امینی با تاکید بر اینکه  هنگام انتقال پیکر مهسا به پزشکی قانونی اصلا اجازه ندادند که من به داخل بروم، گفت: «هنوز هیچ پاسخی از پزشکی قانونی دریافت نکردیم. همان موقع هم برای انتقال دخترم به پزشکی قانونی، اجازه ندادند که من حتی به داخل بروم. خودشان دخترم را به داخل بردند و من با هزار زحمت فقط موفق شدم خودم را به حیاط برسانم.»

پدر مهسا امینی افزود: «درخواست صریح من این است که ابعاد مختلف این مسئله باید هرچه زودتر روشن شود. دختر من الکی از بین رفت. من بعد از ۲۲ سال تلاش و بدبختی، زندگی خودم را فدای رشد مهسا کردم. دخترم هیچگونه مشکلی نداشت و او را از بین بردند. من به همه می‌گویم که درخواست رسیدگی دارم.»

امجد امینی گفت: «این‌ها می‌خواستند شبانه او را دفن کنند و من اجازه ندادم. می‌خواستند دخترم را همینطور شبانه دفن کنند و هیچکس هم مطلع نشود. من اجازه نداده و گفتم که به هر حال، من هم خانواده، فامیل و کس و کار دارم و به هزار بدبختی قانع‌شان کردیم که تدفین در همان ساعت صبح برگزار شود.»

پدر مهسا امینی افزود: «اگر دست خودشان بود همان شبانه دخترم را دفن می‌کردند.»

پدر مهسا امینی، همچنین در مصاحبه با روزنامه هم‌میهن، ادعای مقام‌های حکومتی درباره بیماری دخترش را رد کرد و گفت:«آنها که می‌گویند دخترم صرع داشته دروغ می‌گویند.»

امجد امینی با تاکید بر اینکه «فیلمی که از بازداشتگاه نشان دادند تقطیع شده است»، گفت: «چرا زمانی که دخترم را از ون پیاده کردند، نشان ندادند.»

پیکر مهسا امینی روز شنبه تحت تدابیر امنیتی در گورستان آیچی سقز به خاک سپرده شد و شهرهای سقز و سنندج پس از آن صحنه اعتراضات خیابانی مردم به کشته شدن این دختر جوان بوده است و دانشجویان در تهران نیز روز یک‌شنبه به به مرگ این دختر جوان حین بازداشت، اعتراض کردند.

با وجود اعتراض‌های گسترده به بازداشت و مرگ مهسا امینی، احمد وحیدی، وزیر کشور رئیسی شنبه شب در یک مصاحبه تلویزیونی با صداوسیمای جمهوری اسلامی از بازداشت و برخورد با مهسا امینی دفاع کرد و گفت: «رویه بازداشت قانونی بوده است.»