فرماندار طالبان در شهرستان نسی درواز استان بدخشان، با انتشار اطلاعیه‌ای به همه اهالی این شهرستان ابلاغ کرد که ازدواج زن و مرد از دو مذهب مختلف شیعه و سنی ممنوع است و درصورتی‌که یکی از طرف‌ها بخواهد مذهب خود را تغییر دهد، باید این موضوع به دادگاه و فرمانداری اطلاع داده شود.

در ابلاغیه فرماندار نسی آمده است: «بنابه ملاحظات دینی و عقیدتی، به همه اقوام تحت قلمرو این شهرستان هدایت داده می‌شود که از این پس، هیچ‌کس از اهل سنت و الجماعت حق دادن دختر به شیعه و از شیعه به اهل سنت را ندارد.» فرماندار طالبان اعلام کرده است که حتی اگر مرد یا زن از دو مذهب مختلف بخواهند عقیده و مذهبشان را تغییر دهند و سپس ازدواج کنند، باید از فرمانداری و دادگاه طالبان اجازه بگیرند.

سختگیری طالبان در زمینه ازدواج بین پیروان دو مذهب مختلف، موردی جدید یا مخصوص استان بدخشان نیست، بلکه به‌صورت کلی در تفکر طالبان، پیروان مذهب شیعه مرتدند و ازدواج اهل سنت با شیعیان از نظر این گروه حرام است. حساسیت طالبان در این زمنیه به حدی است که حتی زوجی را که بیشتر از ۱۵ سال باهم زندگی کرده‌اند و چهار فرزند دارند، به‌دلیل اختلاف مذهبی و قومی، وادار به طلاق و حتی در زندان شکنجه می‌کنند.

یکی از نمونه‌های این سخت‌گیری، نحوه برخورد طالبان‌ با رجب ابراهیمی از قوم هزاره و شیعه‌مذهب و گل اندام، همسرش، از قوم پشتون و سنی‌مذهب از ساکنان استان بلخ در شمال افغانستان، است. طالبان این زوج را در خرداد ۱۴۰۱، هنگامی که می‌خواستند با چهار فرزندشان به پاکستان بروند، دستگیر و نکاح آن‌‌ها را به‌دلیل اختلاف مذهبی‌شان حرام اعلام کردند. این زوج هنوز با گذشت بیشتر از ۹ ماه، در زندان به‌سر می‌برند. نزدیکان رجب به ایندیپندنت فارسی گفتند که طالبان می‌خواهند گل‌اندام، همسر ۴۰ ساله رجب ابراهیمی، را به عقد پسرعمویش درآورند. 

پس از ماجرای بازداشت رجب و همسرش، در تیرماه ۱۴۰۱، نیز نیروهای امر به معروف و نهی از منکر طالبان، به مراسم عقد یک پسر شیعه و دختر سنی‌مذهب در شهر مزارشریف هجوم بردند و با بازداشت داماد، مراسم عقد را برهم زدند. منابع آگاه از مراسم عقد این دو جوان به ایندیپندنت فارسی گفتند که محتسبان امر به معروف و نهی از منکر طالبان به شرکت‌کنندگان در مراسم عقد گفتند که «شیعیان براساس احکام شریعت، مرتدند و ازدواج دختر سنی‌مذهب با مرد شیعه‌مذهب حرام است».

وزارت امر به معروف و نهی از منکر طالبان تاکنون اطلاعیه رسمی درمورد منع ازدواج زن و مرد شیعه و سنی‌مذهب صادر نکرده است. اما افراد این گروه به‌طور کلی با داشتن تفکر ضدشیعی، مانع ازدواج و خویشاوندی بین دو مذهب می‌شوند و دادگاه‌های طالبان نیز در این مورد قاطعیت دارند. 

طالبان نه‌تنها در موضوع ازدواج، بلکه در دیگر امور نیز تلاش کرده‌اند پیروان مذهب شیعه را به انزوا ببرند؛ از غصب زمین‌ها و مساجد شیعیان گرفته تا منع تدریس متون مذهبی شیعه در دانشگاه‌ها، همه نشانه‌های سرکوب شیعیان در افغانستان‌اند.