در میانه یک جنگ نامعلوم، هواپیمایی که قرار است شماری از کودکان مکتبی را از انگلستان خارج کند بر فراز جزیره‌ای نامعلوم سقوط می‌کند؛ خلبان هواپیما کشته می‌شود، اما کودکان زنده می‌مانند و در این جزیره خالی از سکنه و به دور از نظارت خانواده و بزرگسالان مجبورند تا برای بقای خود تلاش کنند. کودکانی که ۶ تا ۱۲ ساله‌اند در غیاب نظارت خانواده‌ها و دور از نظم جامعه، ناگهان وارد رقابت قدرت می‌شوند، رقابتی که منتهی به ظهور شر درون کودکان می‌شود و در نهایت این کودکان معصوم را به موجوداتی وحشی و درنده خو مبدل می‌کند.
رقابت در این رمان میان دو کاراکتر مرکزی داستان، رالف و جک است. رالف در این داستان نماد عقلانیت، نظم و تمدن است، جک برعکس نماد نظم ستیزی و سمبل شر پنهان روح آدمی است. رقابت این دو برسر رهبری این کودکان در یک جزیره خالی از سکنه در نهایت با غلبه جک (نماد شر) بر رالف (نماد خیر) به فرجام می‌رسد. این داستان که بر اساس دوگانه خیر و شر بنا یافته است در پایان، با ظهور ناگهانی یک افسر نیروی دریایی انگلیس در ساحل این جزیره به پایان می‌رسد. سرنشنیان یک کشتی از نیروهای دریایی بریتانیا که راهشان به آن جزیره می‌افتد، آتش بزرگی که گروه جک برای بیرون راندن رالف از جنگل و کشتن او برافروخته‌اند را می‌بینند و متوجه حضور کودکان در این جزیره می‌شوند.
کودکانی که معصومیت‌شان را از دست داده‌اند و دوتن از هم قطاران‌شان را با بی‌رحمی کشته‌اند، در پایان داستان از جزیره نجات داده می‌شوند و رالف با حضور این افسر نیروی دریایی از مرگ حتمی نجات می‌یابد.
افسر دریایی انگلیس نماد نظم گم شده در این جزیره است که با برگشتن او و کشتی همراهانش، بر بی نظمی و هرج و مرج در جزیره پایان داده می‌شود. رمان سالار مگس‌ها روایت دراماتیکی از سیر انسان از نظم به بی نظمی و هرج و مرج است، روایتی که در قسمت اول رمان با رفتن کودکان به سمت ساحل و شنا در آب اقیانوس مانند کنشی مدنی آغاز می‌شود و در پایان با وحشی‌گری بی‌مانند این کودکان به پایان می‌رسد.
کاراکترهای این رمان را می‌توان همچون پروتوتایپ‌ها (نمونه های اصلی) رفتار بشری باز شناخت. رالف نماد مدنیت و رهبری است. این در حالی است که جک نماد بربریت و غلبه شر درونی انسان است. هرچند رالف را نیز نمی‌توانیم نمونه خیر مطلق بدانیم، چرا که در مرگ سایمون (کاراکتر عارف گونه این رمان) او هم نقش دارد، با آنکه می‌خواهد نقش خودش را در آن حمله دسته جمعی کودکان به سایمون و مرگ او نادیده بگیرد.
رالف نماد میل دموکراتیک قدرت و جک نماد میل اقتدارطلبی و دیکتاتوری در این داستان است. جک و گروهش آنگاه که به شکار خوک‌ها می‌روند، این شعار را به گونه دسته جمعی سر می دهند: «خوک را بکش، گردنش را ببر و خونش را بریز». جک همچنین رقص‌های جمعی انسان‌های بدوی را با کودکان تحت فرمانش اجرا می‌کند. رالف در آغاز داستان، به صورت دموکراتیک به رهبری کودکان برای تنظیم امور زندگی‌شان برگزیده می‌شود. او قوانین دموکراتیکی وضع می‌کند؛ با سایر کودکان در تنظیم امور زندگی جدید و سخت‌شان مشورت می‌کند و تاکید می‌کند که هرکسی برای بیان عقیده‌اش از (conch) یا پوشه صدفی که مانند بلندگو از آن استفاده می‌کنند، باید استفاده کند تا صدایش را همه بشنوند.
اما جک از این انتخاب و وضع قوانین از جانب رالف ناراضی است و در طول داستان علیه رالف و دستیارش قیام می‌کند و کودکان دیگر را نیز علیه او بسیج می‌کند. جک نمونه کامل یک دیکتاتور کاریزماتیک، بی‌رحم و حیله‌گر است. او آخرین هم‌دستان رالف را با دادن وعده غذای گوشت خوک از او جدا می‌کند. تنها کسی که تا پایان در کنار رالف می‌ماند پیگی است. پیگی با آنکه برای وزن زیادش مورد استهزای جک و سایر کودکان است اما بالغ‌تر از بقیه است و به نظم اعتقاد دارد و تا لحظه مرگش در کنار رالف می‌ماند.
گولدنگ برای نمایش درام شر ذات بشری، در این رمان کودکان را انتخاب می‌کند، کودکان نماد معصومیت‌اند، اما گولدنگ می‌خواهد اذعان کند که نیروی شر به عنوان نیروی اصلی ذات بشری می‌تواند در هر انسانی ظهور کند، حتا در معصوم‌ترین انسان‌ها (کودکان) و برای همین او زندگی اجتماعی و قانونی را برای کنترل این شر ذاتی بشر حیاتی می‌داند. تز اصلی رمان، دفاع از نظم و حاکمیت قانون است چون گولدینگ به عنوان یکی از افسران نیروی دریایی انگلیس در جنگ جهانی دوم شرکت کرده بود و شاهد بربریت‌های بی‌حد و حصر انسان‌های متمدن اروپایی در غیاب حکومت‌های دموکراتیک بود. در شرایط هرج و مرج، از نظر گولدینگ، شر مجال ظهور می‌یابد.
در این رمان شر در کودکان زمانی جوانه می‌زند و رشد می‌کند که جک قوانین وضع شده از جانب رالف را که تاکید بر نظم، تقسیم کار و همکاری برای بقاست رد می‌کند و با رد این خصلت‌های مدنی زمینه رشد شر درون کودکان را مهیا می‌کند. کودکان با فاصله گرفتن از شیوه زندگی مدنی، کم کم مسیر بربریت را تا سرحد انجام اعمال جنایت بار و قتل دو تن از هم قطاران‌شان می‌پیمایند.
مساله شر از تم‌های اصلی شماری از نمایشنامه‌های شکسپیر نیز هست. به‌عنوان نمونه ما در نمایشنامه مکبث نیز شاهد نمایش شر هستیم، اما در آن نمایش بنیان شر وسوسه‌های جاه‌طلبانه همسر مکبث و پیش از آن وسوسه‌های ساحره‌ها یا جادوگران است که پیش‌گویی می‌کنند روزی مکبث شاه اسکاتلند خواهد شد. مکبث حتا پیش از کشتن شاه دونکان و پس از آن برای انجام جنایتش دلهره دارد و تا پایان مرگ او و همسرش با احساس گناه و پشیمانی از جنایتی که علیه شاه مهربان اسکاتلند انجام داده‌اند به سر می‌برند. اما در رمان سالار مگس‌ها، شر از درون کاراکترهای داستان می‌جوشد و آهسته آهسته بر روح این کاراکترها در طول داستان چیره می‌شود. رمان سالار مگس‌ها درام آشکار شدن تدریجی شر درونی بشر در غیاب نظارت و نیروی بازدارنده است.
رمان سالار مگس‌ها در سال ۱۹۵۴ در زمانی‌که انسان متمدن از دو جنگ خانمان برانداز فاصله چندانی نداشت، نوشته شد. ویلیام گولدنگ در جنگ جهانی دوم در نیروی دریایی انگلیس خدمت کرده بود و شاهد دست اول وحشتی بود که به دست انسان متمدن اروپایی آفریده شده بود. آنگاه که جنگ جهانی اول اتفاق افتاد تصور عام این بود که این جنگ پایان همه جنگ‌ها خواهد بود، اما درست بیست سال بعد جنگ جهانی دوم اتفاق افتاد. جنگی که همه پیش فرض‌های انسان را درباره تعالی ذات بشری و راه گشایی نیروی عقلانی او دچار دگرگونی ژرف کرد. بسیاری از آثار ادبی که پس از جنگ جهانی دوم آفریده شده‌اند در پیوند با ذات انسان بدگمان‌اند، تعدادی از این آثار شر درونی آدمی را بیماری علاج ناپذیر قلمداد می‌کنند. سالار مگس‌ها یکی از این آثار است. اثری که نابسامانی‌های اجتماعی را در نارسایی‌های ذات بشری جستجو می‌کند. به نظر گولدنگ نگاه درست این است که چگونگی اوضاع جامعه را وابسته به چگونگی ذات افراد جامعه بدانیم.
از نظر گولدنگ نارسایی‌های اجتماعی ریشه در ضعف‌های اخلاقی افراد دارند. برای همین در داستان سالارمگس‌ها، در غیاب نظم و قانون، سویه تاریک روح بشری کودکان بر سویه روشن آن چیره می‌شود و زندگی کودکان را در آن جزیره دچار بحران می‌سازد، چرا که از نظر گولدینگ ذات واقعی انسان همان شر است. باری گولدنگ در مصاحبه‌اش درباره رمانش گفته بود که او می‌خواهد در این اثر به اهمیت حاکمیت قانون در جامعه تاکید کند.
رمان سالار مگس‌ها نخستین رمان گولدینگ بود که در سال ۱۹۵۴ نوشته شد و برای او موفقیت بزرگی به ارمغان آورد. رمانی که در اول با واکنش سرد جامعه انگلیسی زبان رو به رو شد، اما بعدها یکی از پرفروش‌ترین رمان‌های انگلیسی شد.
رمانی که با اقتباس از آن دو فیلم با کارگردانی پتربروک و هری کوک ساخته شد و یکی از رمان‌های مهم ادبیات انگلیسی در قرن بیستم به شمار می‌آِید.
