پرونده سرمربی سابق تیم ملی فوتبال ایران هم‌چنان تبعات گوناگونی برای فدراسیون فوتبال ایران به دنبال دارد. 

پس از آنکه فیفا، فدراسیون جهانی فوتبال، در پرونده شکایت مارک ویلموتس از فدراسیون فوتبال رای را به نفع این مربی بلژیکی صادر کرد و ایران را موظف کرد تا بیش از شش میلیون یورو به ویلموتس غرامت دهد، حالا خبرها حاکی از آن است که هم فدراسیون جهانی فوتبال و هم کنفدراسیون فوتبال آسیا، فدراسیون فوتبال ایران را تهدید کردند که در صورت دخالت ارگان‌های قضایی مملکت در پرونده قرارداد ویلموتس، احتمال «تعلیق» فدراسیون فوتبال ایران وجود دارد. 

وب‌سایت فدراسیون فوتبال جمهوری اسلامی در ایران با انتشار این خبر و  در پاسخ به هشدار فیفا و کنفدراسیون فوتبال آسیا نوشته است: فدراسیون فوتبال ایران به رعایت قوانین داخلی کشور پای‌بند و مقید است.»

دخالت نهادهای حکومتی در فوتبال از جمله مهم‌ترین اصول فیفا برای فدراسیون‌های عضو این نهاد بین‌المللی است. 

فدراسیون فوتبال ایران پیش‌تر و در دوران ریاست علی‌آبادی بر سازمان تربیت‌ بدنی به دلیل دخالت‌های دولت در امور فدراسیون تعلیق شد. در آن زمان فیفا از محسن صفایی فراهانی رئیس سابق فدراسیون فوتبال خواست تا با  با تعیین کمیته‌ای موسوم به «کمیته انتقالی» اساس‌نامه فدراسیون فوتبال ایران را بدون در نظر گرفتن قوانین داخلی و منطبق با استانداردهای فیفا تنظیم کند.   

حالا و پس از گذشت نزدیک به ۱۳ سال از تعلیق فدراسیون فوتبال ایران و تعیین کمیته انتقالی برای نوشتن اساس‌نامه این نهاد ورزشی در ایران، به نظر می‌رسد کار پرونده ویلموتس بابت موضع‌گیری‌های افراد در حکومت چه در قوه قضاییه و چه در قوه مقننه بار دیگر فدراسیون فوتبال ایران را در موقعیتی مشابه ۱۳ سال پیش قرار داده است. 

پس از آنکه فدراسیون فوتبال ایران از سوی فیفا محکوم به پرداخت رقمی معادل ۱۶۵میلیاردتومان غرامت به مارک ویلموتس، سرمربی پیشین فوتبال ایران، شد، سازمان‌ بازرسی‌کل‌ کشور، ۹ نفر از مدیران‌ ارشد فدراسیون‌ فوتبال را بابت اهمال کاری در بستن این قرارداد با مربی بلژیکی به دادسرای معرفی کرد. 

۲۹ مرداد ماه بود که حراست وزارت ورزش تایید کرد که روند بررسی پرونده قرارداد مارک ویلموتس شروع شده است و برخی مطلعان این قرارداد احضار شده‌اند. 

عباس موسوی، دادیار دادسرای دیوان عالی کشور و معاون کمیته استیناف فدراسیون فوتبال درباره پرونده سرمربی سابق تیم ملی فوتبال ایران گفته بود «اعتقاد من این است که مسئولیت این ماجرا به‌طور خاص متوجه جناب آقای مهدی تاج، رئیس سابق فدراسیون فوتبال و آقای مسعود سلطانی‌فر وزیر ورزش، به شکل مشترک است و این خسارت باید از حساب این دو عزیز پرداخت شود نه از بودجه بیت‌المال.»

قرارداد جنجالی فدراسیون فوتبال ایران با مارک ویلموتس سرمربی بلژیکی سابق تیم ملی قوتبال ایران حدود ۹ میلیون یورو برای فوتبال ایران هزینه دربرداشته است.