رئیس سازمان محیط‌زیست معتقد است در مدارس طبیعت خدا را کنار گذاشته بودند و باورهای کمونیستی آموزش می‌دادند.

عیسی کلانتری در گفتگو با برنا دررابطه‌با دلایل انحلال مدارس طبیعت گفته است که قرار بود در این مدارس، دانش‌آموزان مهارت‌های اجتماعی و فنی یاد بگیرند و بازدید از فضای طبیعی برای آنها، فرآیندی الهام‌بخش باشد. اما این مدارس، تبدیل به مدارس ضد خدا شد. به دانش‌آموزان می‌گفتند که مثلاً این سگ برادر توست و این گربه خواهر توست. این قبیل آموزش‌ها صحیح نبود.

همچنین به گفته معاون حسن روحانی در این مدارس باورهای کمونیستی آموزش داده می‌شد: «این مدارس، حتی مجوز نداشتند و مسئولان به این اجماع رسیدند که این مدارس ضدباورهای دینی و خداباوری است. با پول مردم نباید کودکان را ضد خدا تربیت کنیم.»

وی در ادامه افزود که سازمان محیط‌‌زیست می‌تواند به آموزش‌وپرورش کمک کند اما تخصصی در برپایی مدرسه ندارد. اگرچه کلانتری تأکید کرد که آموزش باورهای ضد خدایی در هیچ مدرسه‌ای جز در جوامع کمونیستی پذیرفته شده نیست.

مدارس طبیعت الگوی خاصی از آموزش در فضای باز است که در آن دانش آموزان مهارت‌های شخصی، اجتماعی و فنی از فضاهای طبیعی بازدید می‌کنند که این‌کار فرایندی الهام‌بخش است که به کودکان، جوانان و بزرگسالان فرصت‌هایی برای رشد اعتمادبه‌نفس از طریق یادگیری در فضای طبیعی ارائه می‌دهد.

این سبک از مدارس نخستین بار حدود ۵۰ سال پیش در دانمارک اجرا شد و پس از آن در سایر نقاط جهان نیز انتشار یافت. برای مثال در حال حاضر و در بریتانیا بیش از ۱۴۰ مدرسه با این روش در حال فعالیت هستند که از حمایت دولتی نیز بهره می‌برند.

نخستین مدرسه طبیعت در ایران در سال ۹۳ در مشهد تاسیس شد. اما در پی شکایت آموزش و پرورش، در سال ۹۸ از ادامه کار این  مدارس جلوگیری شد.

عیسی کلانتری همچنین گفت که نخستین کسی که این مسائل را به او تذکر داده، کاوه مدنی بوده است. آقای مدنی تا به حال در مورد ادعای رئیس پیشین خود، واکنشی نشان نداده است.

کاوه مدنی معاون پیشین سازمان محیط‌زیست بود که تلاش‌های بسیاری برای بهبود وضعیت منابع آب و محیط‌زیست ایران کرد. وی همچنین در سال ۲۰۱۷ به عنوان نایب‌رئیس سومین مجمع محیط زیست ملل متحد انتخاب شد.

مدنی طی مدت حضورش در ایران، به شدت از طرف نیروهای تندرو مورد هجمه قرار گرفت. فشارها به قدری بر وی افزایش یافت که حتی حضور او در یک جمع خصوصی در سفری خارجی، به ابزاری برای فشار برای برکناری او انجامید.

وی نهایتاً تحت‌فشار نیروهای امنیتی و نقض مکرر حریم شخصی از قبیل بررسی ایمیل‌های شخصی یا ورود به مراودات خصوصی او، ناچار به ترک ایران شد. وی به همین دلایل، در سال ۹۷ از سمت خود استعفا کرد و کلانتری نیز اعلام کرد علی‌رغم میل باطنی، این استعفا را می‌پذیرد.

پیش‌تر نیز، رئیس سازمان محیط‌زیست از دریافت برخی از گزارش‌ها از سوی وزارت اطلاعات و فتاوای مراجع مبنی‌بر غیرشرعی بودن مدارس طبیعت خبر داده بود.