روزنامه کیهان به مدیرمسئولی حسین شریعتمداری در مطلبی با عنوان «ضرورت عزل و محاکمه عنصر نفوذی در مدیریت سازمان محیط‌زیست»، خواهان برخورد با عیسی کلانتری شد.

در مطلبی که کیهان منتشر کرده آمده است: «رئیس سازمان محیط‌زیست، پس از گماشتن یک جاسوس آمریکایی به معاونت این سازمان که به فرار وی ختم شد، کار را به جسارت علیه ساحت امام خمینی رسانده است.»

اشاره کیهان در اینجا به کاوه مدنی، معاون پیشین سازمان محیط‌زیست است که پس از بازداشت توسط اطلاعات سپاه، استعفا داد و ایران را ترک کرد. کلانتری بعداً اعلام کرد که استعفای او را علی‌رغم میل باطنی پذیرفته است.

کیهان با اشاره به مصاحبه اخیر کلانتری، گفته‌های او را موهن خوانده و عدم برخورد با او را نشانی کوتاهی قوه قضائیه عنوان کرده است. در ادامه تأکید شده که دستگاه‌های امنیتی باید در مورد کلانتری تحقیق کنند تا مشخص شود که او با کدام باند ضدانقلاب در ارتباط است.

همچنین کیهان مدعی است که دولت باید بابت اظهارات اخیر کلانتری عذرخواهی کرده و وی را نیز بازخواست کند.

اخیراً کلیپی از عیسی کلانتری منتشر شده که در آن وی در پاسخ به سؤال خبرنگار در مورد مذاکره آمریکایی‌ها با روح‌الله خمینی، بنیان‌گذار جمهوری اسلامی می‌گوید: «نمی‌دانم خبر ندارم ... شاید به این صورت بشود گفت که حضرت امام فرزند ناخلفی برای آنها بود. آنها پشت شاه رو خالی کردند و حضرت امام هم از این فرصت استفاده کردند.»

این سخنان با واکنش برخی دیگر از افراد تندرو نیز مواجه شده بود.

وبسایت جماران به نقل از حمید انصاری، قائم مقام موسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی نوشت که به موجب قوانین، انتشار مطالب توهین آمیز ممنوع است و هرگز حق آزادی بیان و حق اطلاع رسانی موجب جواز چنین اقدام مجرمانه ای نمی باشد. مراقبت و برخورد مناسب مراکز نظارت بر کانال‌های اطلاع‌رسانی و مراجع ذیصلاح قضایی در این‌گونه امور، مورد انتظار است.

 روزنامه جوان که به سپاه پاسداران نزدیک است، در این مورد نوشت: «در دولت روحانی چه می‌گذرد که مدیر او جرات کند به همین راحتی چنین عبارات زشت و توهین‌آمیزی را علیه امام امت و بنیان‌گذار جمهوری اسلامی به کار برد و برکنار هم نشود و کسی هم برخوردی با او نکند.»

در ادامه صادق کوشکی، از افراد نزدیک به جبهه پایداری نیز گفت که مدعی‌العموم مشغول اقدامات واجب‌تر است و یادش رفته که بر اساس قانون، توهین به حضرت امام جرم است.

همچنین، وبسایت جهان نیوز که به اصول‌گرایان نزدیک است، با اشاره به حمایت کلانتری از کاوه مدنی، سخنان اخیر وی را محکوم کرد و نوشت: «بسیار سخت و ساده‌انگارانه است که بخواهیم اظهارات وقیحانه کلانتری درباره حضرت امام و نحوه پیروزی انقلاب را به‌عنوان یک مقام مسئول در دولت جمهوری اسلامی که سابقه وزارت در دولت‌های هاشمی و خاتمی هم در کارنامه خود دارد را به «کج‌فهمی» تعبیر کنیم.»

در پی این واکنش‌ها، رییس سازمان حفاظت محیط زیست متنی را منتشر کرد و بابت برداشت اشتباه از سخنانش عذرخواهی کرد. او در متن خود با ادعای اینکه ویدئوی مصاحبه تقطیع شده و با اشاره به اینکه خودش مقلد روح الله خمینی است، نوشت: «اگرمشاهده کلیپ ۴۰ ثانیه‌ای و تقطیع شده از مصاحبه دو ساعته مربوط به سال ۱۳۹۶ با لغزش کلامی پیش‌آمده، موجب تکدّر خاطر دوستداران حضرت امام  و انقلاب اسلامی شده است، از این موضوع عذرخواهی می‌کنم.»