شش روز پس از اعدام روح‌الله زم، مدیر آمدنیوز، شفقنا به نقل از دفتر آیت‌الله سیستانی، روحانی پرنفوذ شیعه در عراق، گزارش داد که «این دفتر از سفر زم به عراق اطلاعی نداشته است». در این گزارش برای نخستین بار به ملاقات نماینده و رئیس دفتر آیت‌الله سیستانی در قم با رئیس قوه قضاییه جمهوری اسلامی درباره پرونده زم اشاره شده است. دفتر سیستانی به دلیل سکوت در مورد اتهام‌هایی که درباره نقش این دفتر در کشاندن زم به عراق و انتقال او به ایران مطرح است، مورد انتقاد قرار دارد.

در پاسخ دفتر سیستانی که شفقنا آن را منتشر کرده، آمده است: «بارها اعلام کردیم که دفتر آقای سیستانی هیچگونه اطلاعی از آمدن آقای زم به عراق و نقشی در دستگیری ایشان نداشته است.»

گزارش‌ها حاکی از آن است که زم که در سال‌های اخیر ساکن فرانسه بود، به دنبال دریافت دعوتی از دفتر سیستانی، مهرماه ۹۸ به عراق سفر کرد. سفری که به «ربوده شدن او، انتقالش به ایران و اعدام او منتهی شد.»

وزارت اطلاعات جمهوری اسلامی می‌گوید، «سربازان گمنام امام زمان زم را به داخل ایران هدایت کردند».

در بخش دیگری از پاسخ دفتر سیستانی آمده است: «پس از انتشار ادعای سوء‌استفاده از نام آقای سیستانی برای کشاندن ایشان به عراق، در تماس با مقام‌های عالی‌رتبه جمهوری اسلامی ایران از آنها خواسته شد توضیحاتی در این زمینه ارایه کنند.»

این نامه در ادامه به ملاقات ۳۰مهر ۹۹ یعنی ۵۱ روز قبل از اعدام زم اشاره می‌کند که بین شهرستانی، نماینده سیستانی در قم و ابراهیم رئیسی، رئیس قوه قضاییه جمهوری اسلامی انجام شده و موضوع پیگیری شده است.

«در نهایت: مقامات ذیربط به صورت رسمی به ایشان و سپس در تاریخ ۳۰ آبان ۹۹ به دفتر آقای سیستانی در نجف ابلاغ کردند که هرگونه سوء استفاده از نام سیستانی در جریان بازداشت زم را قاطعانه تکذیب می‌کنند و بنابراین دخالت مرجعیت در امر محاکمه و مجازات ایشان را منتفی دانستند.»

به این معنی که یک ماه پس از ملاقات شهرستانی با رئیسی و سه هفته قبل از اعدام زم، تهران «تکذیب نقش سیستانی» را به دفتر او ابلاغ می‌کند.

این در حالی است که وزارت اطلاعات هنوز گزارش رسمی در مورد اینکه زم را از کدام کشور و به چه طریق به ایران آورده، منتشر نکرده است. همچنین تکذیب نقش دفتر سیستانی در پرونده زم نیز به طور رسمی و علنی از سوی مقامات جمهوری اسلامی انجام نشده است.

پیش از این برخی گمانه‌زنی‌هایی درباره نفوذ نیروهای جمهوری اسلامی به دفتر سیستانی و فریب زم و همکاری با نیروهای اطلاعاتی و دولت عراق در روند بازداشت و انتقال زم به ایران مطرح شده بود.

روح‌الله زم، شنبه ۲۲ آذرماه اعدام شد. به گفته محمدعلی زم، پدر او، «اجرای حکم اعدام زم به وکیل تسخیری او و خانواده ابلاغ نشده بود و به او فرصت وصیت نیز داده نشده است».