منازعه بر سر کشمیر در میان هند و پاکستان ریشه‌ای به درازای تاریخ استقلال هر دو کشور دارد. در آستانۀ استقلال شبه‌قاره از بریتانیا، مسلمانان به رهبری محمدعلی جناح از پدید آمدن یک دولت هندو در سرزمینی با اکثریت غیرمسلمان هراس داشتند. از سوی دیگر، مسلمانان به سبب ریشه‌های تاریخی تنش‌های مذهبی با هندوها نگران بودند که هویت دینیشان در پی تشکیل دولتی هندو مسخ شود.
تلاش برای رفع این خطر و تثبیت جایگاه مسلمانان در شبه‌قاره پیش از آن آغاز شده بود. وقتی بریتانیای‌ها قانون اساسی هند تحت سلطۀ بریتانیا را در ۱۸۵۸ اجرا کردند، رهبران مسلمان حزب گانگرس خواستار ایجاد حوزه‌های رأی‌گیری جداگانه شدند و این درخواست بعدها پذیرفته و اجرا شد. این امر مسلمانان را قادر ساخت نمایندگان خود را انتخاب کنند و گامی اساسی و عملی در مسیر دستیابی به حقوق و جایگاه مسلمانان در شبه‌قاره به حساب می‌آید.
در دهه‌های بعد، فشار مسلمانان برای تشکیل موجودیت سیاسی متمایزی که قانون شوراهای محلی هند آن را به رسمیت می‌شناخت افزایش یافت. در پی اعلان دولت بریتانیا مبنی بر ترک هند (ژوئن ۱۹۴۷)، ماهیت مجادله میان مسلمانان و هندوها تغییر کرد و به کشمکش بر سر جانشینی سلطۀ بریتانیا بدل شد و تنش میان آنها افزایش یافت. پرسش اصلی بریتانیا این بود که آیا قدرت باید به هند به مثابه یک واحد سیاسی منتقل شود که حزب کنگره نمایندۀ آن دانسته می‌شد یا به دو واحد که مسلمانان نیز یکی از آنها بودند.
پس از تلاش‌های بسیار برای سرکوب و نادیده گرفتن مطالبات مسلمانان، ویسرای هند، لرد مونتباتن، به این نتیجه رسید که مقاومت در برابر خواست نهضت مسلمانان به منظور ایجاد واحد سیاسی مستقلی برای مسلمانان شبه‌قاره ناممکن است. در نتیجه، شبه‌قاره به دو کشور مستقل تقسیم شد. کمیتۀ کنگرۀ سراسری هند در قطعنامه‌ای با ایجاد پاکستان موافقت کرد، اما سران کنگره این تجزیه را راه حلی موقت می‌دیدند. بیمیلی هند در زمینۀ پذیرش پاکستان علت اساسی عدم برقراری روابط دوستانه میان دو کشور و جنگ‌هایی به شمار می‌آید که پس از آن تاریخ میان دو کشور اتفاق افتاد.
در پی تجزیه، مهاجرت‌های میلیون نفری هندوها و مسلمانان و درگیری آنها با هم سنگ بنای معضلات عظیمی را میان دو کشور تازه استقلال‌یافته گذاشت. میلیونها نفر وادار شدند خانه و املاک خود را در هند یا پاکستان پشت سر بگذارند و با انبوهی از مشکلات راهی دیار جدید خود شوند. صدها هزار نفر در این مسیر جان خود را از دست دادند و انزجار و نفرت بینظیری سراسر جوامع مسلمانان و هندوها را فراگرفت.
علاوه بر این، معضل دیگر تقسم مناطق میان هند و پاکستان بر مبنای گرایشات دیندارانۀ ساکنان آنها بود. در هندِ تحت تسلط بریتانیا حدوداً ۶۰۰ امیرنشین در سرزمین‌هایی کوچک و بزرگ وجود داشت. امیرنشین‌ها از حیث سیاست داخلی مستقل و در امور خارجی وابسته به بریتانیا بودند و می‌باید تصمیم می‌گرفتند که بر اساس اکثریت و اقلیت دینی ساکنانشان میخواهند به کدام کشور بپیوندند.
به رغم این معیار برای پیوستن امیرنشین‌های سایر مناطق شبه‌قاره، سه ایالت کشمیر، جوناگاد، و حیدرآباد وضعیتی لاینحل داشتند. در جوناگاد و حیدرآباد، حاکمان مسلمان بودند، اما اکثریت جمعیت هندو مذهب بودند. ارتش هند ادعای حاکمان مسلمان آنها را برای پیوستن به پاکستان قبل حصول نتیجه سرکوب کرد و این ایالتها بر مبنای اصول تقسیم شبه‌قاره (حضور اکثریت مسلمان یا غیرمسلمان ساکن در منطقه) به هند پیوستند. اکثریت جمعیت کشمیر مسلمان، اما حاکمان آن هندو بودند. این ایالت برخلاف اصول تقسیم شبه‌قاره و با دخالت رهبران هند (گاندی و نهرو) و اعمال فشار بر حاکم ایالت در 26 اکتبر 1947 به هند واگذار شد. علت این امر دفاع در برابر تجاوز قبایل سرحد شمال‌غربی دانسته شد که در پی قتل عام ساکنان مسلمان به درۀ جامو و کشمیر سرازیر شده بودند.
در آغاز، پس از اعزام سربازان هندی برای دفاع از ایالت در برابر نیروهای محلی و شورشگران مسلمان و قبایل مهاجم سرحد شمال‌غربی، فرماندار بریتانیای پاکستان از مداخله در جنگ خودداری کرد، اما بعدها با اعزام نیروهای ارتشی وارد جنگ شد. رفته رفته جبهه‌هایی میان طرفین در امتداد آنچه امروز ”خط کنترل“ نامیده میشود، شکل گرفت. نهایتاً، در شب اول ژانویه ۱۹۴۹ و بعد از یک سال درگیری، آتش‌بس میان طرفین برقرار شد.
بدین ترتیب، کشمیر به معمایی سیاسی و امنیتی در روابط دو کشور هند و پاکستان بدل شد. هند در همان حال که پاکستان را متجاوز می‌نامید. از سوی دیگر، پاکستان الحاق این ایالت به هند را با توجه به اصول تقسیم شبه‌قاره تقلب و اعمال خشونت دانست و با آن به مخالفت برخاست. این معضل دهه‌ها پس از آن تاریخ همچنان بر روابط دو کشور همسایه، که مجهز به سلاح هسته‌ای‌اند، و نیز بر امنیت و ثبات جنوب آسیا سایه افکنده است.
