داستان مشهوری از فردریک پادشاه آلمان و آسیابان در اهمیت استقلال دستگاه قضایی نقل شده است. پادشاه آلمانی که در رقابت با لوئی چهاردهم در صدد ساختن کاخی مانند ورسای بوده، با مقاومت آسیابانی روبرو می‌شود که حاضر به فروش ملکش به او نبوده است. پادشاه به دیدن او می‌رود تا او را مجبور و به نوعی تهدید به فروش کند.

اما در کمال تعجب آسیابان به او پاسخ می‌دهد: «نمی‌توانی! چون در برلین هنوز قاضی هست».

این جمله که تبدیل به مثلی در میان مردم آلمان شده است، نشان از اعتماد عامه مردم به سیستم قضایی کشور دارد. در جایی که حاکمان بر طبل ایده‌های خود می‌کوبند، این مردم عادی هستند که اگر به اجرای عدالت باور داشته باشند، حاکمیت را همراهی می‌کنند و در غیر این صورت حتی اقدامات مثبت را هم کمتر برمی‌تابند. 

از زمانی که مونتسکیو، ایده اصل استقلال قوا را در کتاب روح‌القوانین مطرح کرد، موضوع استقلال قوه قضاییه و قضات از مفاهیم اصولی در میان بسیاری کشورها به شمار می‌رود. موضوع «استقلال» همواره در میان قضات کشورها به یک افتخار و مباهات تبدیل شده است که در پرونده‌های جنجالی و به خصوص مواردی که اشخاصی از بطن قوه مجریه و حاکمیت در مقابل قضات قرار گرفته‌اند، آن‌ها بدون جانبداری و تاثیرپذیری از قدرت حاکمه اقدام به صدور رای کردند.

به‌عنوان مثال، در پرونده‌ای که شرکت نفت انگلیسی با همراهی دولت انگلستان مقابل دولت دکتر مصدق و ملی شدن صنعت نفت در دادگاه لاهه مطرح کرده بود، در راس آن قاضی انگلیسی به نام سر آرنولد مک نایر مسئولیت رسیدگی را به‌عهده داشت. او با وجود حساسیت این پرونده، اسیر منافع ملی کشور متبوع خود، انگلستان، نشد و با حفظ وظیفه شناسی که بر مسند قضاوت نشسته بود بر اساس قانون به نفع ایران رای تاریخی را صادر کرد.

در نمونه دیگر به ماجرای اخیر تعلیق پارلمان بریتانیا توسط نخست وزیر، بوریس جانسون، می‌توان اشاره کرد. موضوعی که با مخالفت‌های بسیار موجب گشوده شدن پرونده‌هایی علیه او در دیوان‌عالی کشور بریتانیا شد. در این مورد هم قضات عالی‌رتبه در بالاترین مرجع استیناف قضایی، بر مبنای قانون علیه شخص نخست وزیر رای دادند.

از این دست موارد، بسیار در طول تاریخ اتفاق افتاده است و در تمام آنها دستگاه قضایی سعی داشته تا از اعمال نفوذ دیگر قوا مصون بماند و قداست عدالت را در پرونده‌های این چنینی حفظ کنند.

در ایران نیز در دوران پهلوی دوم و همچنین پس از انقلاب اسلامی سال ۵۷ موضوع اصل استقلال قوا و دستگاه قضاییه مورد پذیرش قرار گرفته است.

در دوران پس از انقلاب اسلامی و با تصویب قانون اساسی به این اصل این گونه اشاره شده است، اصل پنجاه و هفتم: «قوای حاکم در جمهوری اسلامی ایران عبارتند از: قوه مقننه، قوه مجریه و قوه قضائیه که زیر نظر ولایت مطلقه امر و امامت امت بر طبق اصول آینده این قانون اعمال می‌گردند. این قوا مستقل از یکدیگرند».

سپس در اصل یکصد و پنجاه ششم مجددا قوه قضاییه را قوه‌ای مستقل نام برده است که مسئولیت اجرای عدالت را برای افراد جامعه برعهده دارد و در اصل بعدی، اصل یکصد پنجاه و هفتم، انتخاب رئیس قوه قضاییه را برعهده رهبری گذاشته است.

استخدام قضات عادل و شایسته نیز از مسئولیت‌های رئیس قوه قضاییه به شمار می‌رود.

برخی به این رویه انتخاب رئیس قوه قضاییه انتقاداتی وارد کرده‌اند و آنرا از مصادیق عدم استقلال این قوه بر شمرده‌اند. آنها معتقد هستند که اگر چه قضات دادگاه‌ها از طریق رئیس قوه انتخاب می‌شوند اما انتصاب راس هرم به‌عنوان قاضی القضات توسط شخص رهبری خلاف اصل استقلال قضات است.

اگرچه در مقابل نیز، گروهی دیگر به انتخاب رهبری توسط مجلس خبرگان اشاره می‌کنند که اعضای این مجلس نیز توسط مردم در رای‌گیری عمومی انتخاب می‌شوند. بنابراین پاسخ آنان به این انتقاد این است که رهبری با یک واسطه توسط رای مردم انتخاب می‌شود و او نیز اقدام به انتخاب رئیس قوه قضاییه می‌کند.

از طرف دیگر، در روند دادرسی ایران بنا بر مقتضیات اوایل انقلاب دادگاه‌هایی به نام «دادگاه انقلاب اسلامی» شکل گرفت. در همان سال‌ها صادق خلخالی، بر اساس حکم آیت‌الله خمینی مسئول تشکیل این دادگاه‌ها شد. در آن زمان کار اصلی این دادگاه رسیدگی فوری و سریع به جرائم زندانیان و متهمان مرتبط با انقلاب سال ۵۷ بود.

در دهه اول پس از انقلاب این دادگاه‌ها به‌طور فعالی مشغول رسیدگی به جرایم سیاسی و جرائم علیه نظام اسلامی بودند. احکام صادره از این دادگاه‌ها معمولا احکام سنگینی چون حکم اعدام و حبس‌های طولانی مدت بود و بسیاری روند دادرسی در دادگاه انقلاب را با دادگاه‌های صحرایی مقایسه می‌کردند، به همین دلایل همواره مورد انتقاد بسیاری از حقوقدانان بود.  

با گذشت چهار دهه از عمر انقلاب اسلامی، دادگاه‌های انقلاب همچنان به کار خود ادامه داده‌اند و در آخرین تغییرات قانون آیین دادرسی کیفری سال ۱۳۹۲ این دادگاه‌ها همچنان مسئولیت رسیدگی به جرائم علیه نظام جمهوری اسلامی و علیه امنیت داخلی و خارجی، محاربه، افساد فی الارض، توهین به رهبری و جرائم مربوط به مواد مخدر را بر عهده دارند.  

به این ترتیب در کنار دادگاه‌های کیفری یک و دو، که مسئول رسیدگی به پرونده‌های کیفری هستند، دادگاه‌های انقلاب نیز برای رسیدگی به یک سری از جرائم خاص در نظر گرفته شده‌اند.

در سال‌های اخیر که موضوع مبارزه با مفاسد اقتصادی هم به یکی از دغدغه‌های اصلی نظام تبدیل شده است، شعباتی از دادگاه‌های انقلاب به این پرونده‌ها رسیدگی می‌کنند.

با گذشت سال‌های متمادی نام قضات این دادگاه‌ها برای بسیاری از مردم و رسانه‌ها شناخته شده است. چرا که معمولا روند رسیدگی به پرونده‌های امنیتی با دیگر پرونده‌های کیفری کاملا متفاوت است. در بسیاری از این پرونده‌ها، متهمین از حق داشتن یا دیدار با وکیل کاملا محروم بوده‌اند. حتی در مواردی، وکلای پرونده‌های امنیتی خود نیز تبدیل به متهمان امنیتی شده‌اند. همچنین محدودیت حضور رسانه‌ها و خبرنگاران و آن هم با نظر گزینشی قضات دادگاه انقلاب موجب شده تا روند قضایی این دادگاه‌ها از اذهان عمومی دور بماند.

به این ترتیب منتقدین بر روند رسیدگی قضایی دادگاه‌های انقلاب و استقلال این دادگاه‌ها از بدنه نظام انتقادات جدی وارد کرده‌اند. تعداد محدود و منحصر به‌فرد قضات رسیدگی کننده به این پرونده‌ها و همچنین نبود اطلاعات آزاد درباره روند دادرسی در دادگاه‌های انقلاب از دیگر موارد شبهه‌دار در روند دادرسی مستقل است.

بسیاری بر این باورند که قضات دادگاه‌های انقلاب برای نشان دادن میزان وفاداری خود به مجموعه نظام، در برخی موارد آن را بر روند دادرسی عادلانه و عادی ترجیح داده‌اند.

علاوه بر اینکه با گذشت چهار دهه از عمر انقلاب اسلامی و تغییرات چند باره قوانین کیفری و آیین دادرسی کیفری انتظار می‌رفت که رسیدگی به این‌گونه جرم‌ها نیز در صلاحیت دادگاه‌های عمومی کیفری قرار بگیرد.

 شاید وقت آن رسیده باشد که با توجه به اصل برائت و اصل برگزاری‌های علنی روند دادگاه‌ها، که در قانون اساسی ایران هم به آن اشاره شده است، رسیدگی به تمام جرم‌های کیفری اعم از امنیتی و سیاسی و یا غیر از آن در صلاحیت رسیدگی در دادگاه‌های عمومی کیفری و با حضور هیات منصفه و رسانه‌های آزاد صورت بگیرد تا بدین ترتیب فاصله میان حکومت و مردم بیشتر از این نشود و به‌طور قطع اگر مردم یک سرزمین از اجرای عدالت و اعتماد به سیستم قضایی اطمینان داشته باشند هرگز دست یاری به بیگانگان دراز نخواهند کرد.