الظواهری در سال ۲۰۱۰، یک سال قبل از کشته اسامه بن لادن در حمله نیروهای آمریکایی در ایبت‌آباد پاکستان، در نامه‌ای به او نوشته بود که نگران است که مبادا طالبان، القاعده را به آمریکا بفروشند. این نگرانی الظواهری در زمانی مطرح شد که تلاش برای آغاز مذاکرات آمریکایی‌ها با طالبان افزایش یافته بود. در آن سال، گزارش‌هایی از نخستین دیدارهای هیئت‌های آمریکایی و طالبان با میانجی‌گری قطر، منتشر شد اما نه آمریکا و نه طالبان آن دیدارها را تایید نکردند.

استیو کول، روزنامه‌نگار آمریکایی و مدرس روزنامه‌نگاری در دانشگاه کلمبیا، در مطلبی که در نیویورکر منتشر کرد، نوشت که الظواهری به ملا عمر، بنیان‌گذار گروه طالبان، اعتماد داشت اما به بسیاری از فرماندهان و سران این گروه بی‌اعتماد بود.

بر اساس کتاب «اسناد بن لادن» که نلی لحود در سال ۲۰۲۱ منتشر کرد، الظواهری بسیاری از همراهان ملا عمر را « افراد منفعت‌طلب، فرصت‌طلب و خطرناک» می‌دانست. در سال ۲۰۱۰ که نخستین دیدارها میان طالبان و آمریکایی‌ها برای شروع مذاکرات صلح انجام شد، ایمن الظواهری نگرانی‌ خود را از اینکه ممکن است طالبان متحد دیرینه خود را به آمریکایی‌ها بفروشند، با اسامه بن لادن در میان گذاشت.

هرچند هنوز درباره اینکه آمریکایی‌ها چگونه به محل زندگی الظواهری دست یافتند، جزئیاتی منتشر نشده است، بر اساس ترس‌هایی که الظواهری از قبل اظهار کرده بود، امکان دارد افرادی در رده رهبری طالبان که خود را «میانه‌رو» توصیف می‌کنند و به باور الظواهری «فرصت‌طلب»اند، در کشتن رهبر القاعده با آمریکا همکاری کرده باشند.

جیک سالیوان، یک مقام شورای امنیت ملی آمریکا، روز چهارشنبه، در نشست خبری گفت: «ما می‌دانیم طالبان چه کسانی را پناه داده‌اند. ما می‌دانیم که آن‌ها پس از حمله [به الظواهری] چه اقدام‌هایی را انجام دادند تا شواهد آن را پنهان کنند.»

اطمینان مقام‌های آمریکایی از اینکه هر لحظه از اقدام‌های طالبان آگاهی دارند و آنان را رصد می‌کنند، نشان می‌دهد که آمریکا هنوز در کابل همکارانی دارد که در رصد اهداف به واشنگتن کمک می‌کنند. در کابل، از اعضای پیشین دولت افغانستان هیچ مقام رسمی که به چنین اطلاعاتی دسترسی داشته باشد، باقی نمانده است و تنها سران طالبان‌اند که امکان چنین همکاری را با سرویس‌های امنیتی آمریکا دارند.

 روز سه‌شنبه، زلمی خلیل‌زاد، فرستاده پیشین ایالات متحده در امور صلح افغانستان، در مصاحبه با رادیو عمومی ملی (ان‌پی‌آر) آمریکا گفت که ممکن است شبکه حقانی به الظواهری پناه داده باشد و یک جناح دیگر طالبان که مخالف حضور القاعده در افغانستان است، در کشتن الظواهری به آمریکا کمک کرده باشد.

با این حال اگر الظواهری قبل از مرگ از افشای محل زندگی‌اش آگاه می‌شد، آنقدرها هم شوکه نمی‌شد؛ چون در سال ۲۰۱۰ در نامه‌اش به اسامه بن لادن نوشته بود: «بسیاری از طالبان که خود را میانه‌رو معرفی می‌کنند در واقع خائن، جاسوس و منافق‌اند.» او در ادامه این نامه نوشت که ممکن است آمریکایی‌ها در جریان مذاکره با طالبان، از ملا عمر بخواهد القاعده را ضعیف نگه دارد و بسیاری از فرماندهان طالبان با این امر موافق‌اند.

به نظر می‌رسد یک دهه بعد و پس از امضای توافقنامه دوحه میان طالبان و آمریکا، ترس الظواهری از فروختن القاعده به آمریکایی‌ها از سوی طالبان چندان بی‌پایه نبوده است. استیو کول که ماه اوت ۲۰۲۱ و هم‌زمان با فروپاشی دولت پیشین افغانستان در کابل حضور داشت و ماجرای سقوط را در گزارش بلندی منتشر کرد، معتقد است که طالبان در جریان مذاکره با آمریکایی‌ها، به آنان گوشزد کرده‌اند که «اگر داعش را بمباران کنید، به گردنتان گل می‌آویزیم» و در مورد القاعده، «هر تعدادشان را که می‌خواهید، بکشید».

رهبر القاعده متحد نزدیک ملا عمر، بنیان‌گذار طالبان، بود و اعتماد میان آنان تا سال ۲۰۱۳ که ملا عمر درگذشت، همچنان پابرجا ماند. اسامه بن لادن ماه‌ها مهمان ملا عمر در قندهار بود و او تا آخر فروپاشی رژیم طالبان حاضر نشد بن لادن را به آمریکایی‌ها تحویل دهد؛ اما در ۲۰  سال گذشته، بیشترین روابط القاعده با شبکه حقانی برقرار بود. جلال‌الدین حقانی، بنیان‌گذار شبکه حقانی، در دهه ۸۰ میلادی میزبان کمپ‌‎های آموزشی ترویست‌های عضو القاعده در شرق افغانستان بود و این روابط پس از مرگ او، به وسیله سراج‌الدین حقانی، وزیر داخله (کشور) طالبان و رهبر شبکه حقانی، حفظ شد.

اکنون نیز بیشترین اتهام در همکاری با القاعده و پناه دادن به ایمن الظواهری به سراج‌الدین حقانی وارد است. بر اساس اطلاعاتی که منابع مطلع در دولت آمریکا در اختیار رسانه‌های آمریکایی قرار داده‌اند، خانه‌ای که ایمن الظواهری در آن هدف قرار گرفت، متعلق به یکی از معاونان سراج‌الدین حقانی بود.

سراج‌الدین حقانی در زمان حمله پهپاد آمریکایی به خانه الظواهری، در یک جلسه با سران تحریک طالبان پاکستان حضور داشت و پس از آن، به‌سرعت کابل را به سمت شرق افغانستان که زادگاه و حوزه نفوذ او است، ترک کرد. در سه روز گذشته، هیچ عکس و ویدیویی از حضور حقانی در شرق افغانستان یا کابل منتشر نشده است. طالبان نیز تاکنون به کشته شدن الظواهری در کابل واکنشی نشان نداده‌اند.

روز چهارشنبه، رویترز خبر داد که سران طالبان به منظور تصمیم‌گیری در مورد اینکه چگونه به کشتن الظواهری واکنش نشان دهند، جلسه‌ای برگزار کردند این جلسه را سه منبع از میان طالبان به رویترز خبر داده‌اند، اما هنوز از نتایج آن اطلاعی در دست نیست.