در حالیکه تنش‌ها بین جمهوری اسلامی و جمهوری آذربایجان همچنان ادامه دارد، باکو ۳۹ نفر را به اتهام جاسوسی برای حکومت ایران و پخش تبلیغات این حکومت دستگیر کرد. رسانه‌های دولتی آذربایجان این خبر را روز چهارشنبه، یکم فوریه (۱۲ بهمن)، منتشر کردند. در گزارش «خبرگزاری مطبوعاتی آذربایجان» چنین آمده است: «نیروهای وزارت کشور دست به عملیات ویژه‌ای زدند که در نتیجه آن ۳۹ نفر که در خاک آذربایجان درگیر عملیات خرابکاری و اختلال تحت عنوان «مذهب» بودند، شناسایی و دستگیر شدند.»

در ادامه این گزارش آمده است که این نیروها «به نفع [حکومت] ایران در رسانه‌های اجتماعی تبلیغ می‌کردند، از آزادی باور مذهبی در کشور ما سوءاستفاده می‌کردند، و وظایف نیروهای ویژه [حکومت] ایران را اجرا می‌کردند تا سنت‌های مدارای موجود در آذربایجان را زیر سوال ببرند.»

آذربایجان در کنار ایران، عراق و بحرین، یکی از تنها چهار کشور جهان است که اکثریت شیعه دارد. اما گرایش عمومی جامعه آن، به‌ویژه پس از ده‌ها سال تجربه حکومت شوروی، سکولار بوده است و اسلامگرایی و حتی عمل به مناسک اسلامی، جایگاهی محوری در این کشور ندارد. قوانین جمهوری آذربایجان نیز مبتنی بر شریعت اسلام نیست و مصرف مشروبات الکلی در کشور رایج است. اما جمهوری اسلامی ایران در سال‌های اخیر کوشیده است فعالیت‌هایی مذهبی در این کشور داشته باشد و همفکرانش را روی الگوی «محور مقاومت»، در آنجا سازمان دهد. 

وب‌سایت «نیوز آذ» در گزارش خود از دستگیری ۳۹ نفر، نوشت آنان «برای ایجاد تبعیض فرقه‌ای-مذهبی و تخاصم بین مردم، در مراسم مذهبی که شهروندان آذربایجان در آن‌ها شرکت داشتند، از پرچم‌های سیاه با نوشته‌های مختلف به زبان فارسی استفاده می‌کردند. آن‌ها سپس اطلاعاتی را که جمع‌آوری می‌کردند، به نیروهای ویژه که با آنان در تماس بودند، انتقال می‌دادند». این وب‌سایت عکس‌هایی هم منتشر کرده است که در یکی‌ از آن‌ها شهروندی با عکس قاسم سلیمانی پشت سرش دیده می‌شود، و تصویری دیگر ظاهرا از یک پرچم عزاداری سیاه‌رنگ منقش به «یا حسین» است. 

از سوی دیگر، برخی شهروندان ایران در ‌آذربایجان نیز در یورش‌های مربوط به مواد مخدر دستگیر شدند. وزارت کشور جمهوری آذربایجان روز چهارشنبه از دستگیری ۳۶ نفر و توقیف ۱۱۴ کیلو مواد مخدر خبر داد، و آن ‌را مربوط به باندهای مواد مخدر ایرانی دانست. به گفته این وزارتخانه، این افراد بخشی از یک گروه جنایی سازمان‌یافته بودند که از ایران مواد مخدر وارد ‌آذربایجان می‌کند، و در رسانه‌های اجتماعی، جوانان را جذب می‌کند. البته بیشتر این افراد دستگیرشده، شهروند جمهوری ‌آذربایجان‌اند. 

در روزهای اخیر شاهد بالاگرفتن تنش‌ها بین تهران و باکو بوده‌ایم. آذربایجان روز سه‌شنبه، ۳۱ ژانویه (۱۱ بهمن)، از شهروندانش خواست که هیچ‌گونه سفر غیرضروری به ایران انجام ندهند. این درخواست، در پی حمله‌ مسلحانه هفته گذشته به سفارت ‌آذربایجان در تهران مطرح شد که طی آن یک نیروی امنیتی آذربایجان کشته، و دو نفر دیگر زخمی شدند.

مقام‌های جمهوری اسلامی ایران می‌گویند فرد ضارب (شهروند ایران) دستگیر شده، و مدعی‌اند که دلیل حمله‌ او سیاسی نبوده و به مشکلات شخصی و خانوادگی مربوط بوده است. اما جمهوری آذربایجان این حمله را تروریستی می‌داند. این کشور روز یکشنبه، ۲۹ ژانویه (۹ بهمن)، کارمندان سفارت و اعضای خانواده‌های آنان را از ایران خارج کرد، اما البته روابط دیپلماتیک دو کشور همچنان برقرار است. 

آیخان حاجی‌زاده، سخنگوی وزارت خارجه جمهوری ‌‌آذربایجان، گفت کارزار ضد آذربایجان در رسانه‌های ایران این حمله را «تشویق» کرده است. 

نزدیکی سیاسی و دیپلماتیک آذربایجان به اسرائیل، که اخیرا به گشایش سفارت اسرائیل در باکو نیز انجامید، از دیگر دلایل تیرگی رابطه این کشور با جمهوری اسلامی ایران است. برخی از مقام‌های سپاه پاسداران انقلاب اسلامی، اسرائیل را متهم می‌کنند که از خاک جمهوری آذربایجان، علیه ایران استفاده اطلاعاتی و عملیاتی می‌کند. 

ایران و آذربایجان حدود ۷۰۰ کیلومتر مرز مشترک دارند و جمهوری اسلامی ایران در طول سال‌های طولانی اختلافات مرزی و جنگ بین ارمنستان و آذربایجان، نقش‌های متفاوتی ایفا کرده است. این حکومت هم سابقه کمک به باکو دارد، و هم سابقه همراهی با ایروان. اما در ماه‌های اخیر، نزدیک شدن جمهوری آذربایجان به اسرائيل و ترکیه از یک سو و نزدیک شدن ارمنستان به روسیه، باعث شده است که سپاه پاسداران و تهران، به ایروان نزدیک‌تر شوند. در رسانه‌های نزدیک به سپاه، بارها تهدیدهایی علیه جمهوری آذربایجان منتشر شده است.

از سوی دیگر، نزدیک به دو ماه است که باکو منطقه ناگورنو-قره‌باغ را در حصری قرار داده است که باعث شده زمستان برای ۱۲۰ هزار شهروند این منطقه بسیار دشوار باشد و بسیاری‌ از آنان به مناطق جنوبی ارمنستان (نزدیک مرز ایران) بگریزند. منطقه ناگورنو-قره‌باغ، بخشی از خاک رسمی جمهوری ‌‌آذربایجان است، اما اکثریت ارمنی‌تبار دارد و پس از فروپاشی شوروی، بیشتر اراضی آن تحت کنترل جمهوری خودخوانده «آرتساخ» بوده است که هیچ‌یک از دولت‌های عضو سازمان ملل (حتی ارمنستان) آن به رسمیت نمی‌شناسند.

اتاق‌فکر «گروه بین‌المللی بحران» پیش‌بینی کرده است که ناگورنو-قره‌باغ پس از اوکراین، مکان دومین تخاصم مهم سال ۲۰۲۳ خواهد بود. امبرین زمان، روزنامه‌نگار برجسته ترکیه‌ای، روز سه‌شنبه، ۳۱ ژانویه، در وب‌سایت «المانیتور» نوشت:‌ «در حالی بیم تجدید تخاصم بین ارمنستان و آذربایجان می‌رود که ایران می‌تواند بزرگ‌ترین بازنده این قائله باشد.»