با اینکه بیش از یک هفته به پایان مهلت دولت پاکستان برای اخراج مهاجران افغان از این کشور باقی مانده است، مقام‌های آن می‌گویند که هزاران مهاجر را از این کشور اخراج کرده است. رادیو دولتی پاکستان یکشنبه، ۲۲ اکتبر (۳۰ مهر)، به نقل از مقام‌های وزارت کشور گزارش داد که در کمتر از یک ماه، نزدیک به ۶۰ هزار مهاجر افغان از پاکستان اخراج شده‌اند. به گزارش وبسایت اقتصادی «بیزینس ریکوردر» در پاکستان، رادیو دولتی این کشور گفته است که پس از اعلام مهلت یک‌ماهه برای مهاجران غیرقانونی افغان برای خروج از پاکستان، پلیس این کشور ۵۹ هزار و ۵۶۱ پناهجوی افغان را اخراج کرده است. همچنین، به ارتش، نیروهای انتظامی، پرسنل پلیس راهنمایی و رانندگی و حتی اداره‌های دولتی پاکستان هم دستور داده شده است که برای اخراج بیشتر مهاجران غیرقانونی افغان همکاری کنند. 

گزارش‌های منتشرشده حاکی است که پلیس پاکستان شبانه به خانه‌های پناهجویان افغان هجوم می‌برد و همه اعضای خانواده‌ها را به اردوگاه‌ها و از آنجا به سوی مرز‌ها انتقال می‌دهند تا اخراج شوند. همچنین، به دستور وزارت کشور پاکستان، اموال پناهجویان اخراج‌شده مصادره می‌شود. در حال حاضر بیشترین هجوم پلیس برای اخراج مهاجران غیرقانونی افغان، در شهر کراچی گزارش شده است. 

دولت پاکستان دلیل اخراج جمعی پناهجویان افغان را تامین امنیت و ثبات در این کشور اعلام کرده است. وزارت کشور پاکستان پیش از این گفته بود که افغان‌ها در حمله‌های تروریستی علیه مراکز دولتی در پاکستان دست دارند. سرفراز بوگتی، وزیر موقت کشور پاکستان، چندی پیش در یک نشست خبری گفت که افغان‌ها در ۱۴ حمله از مجموع ۲۴ حمله تروریستی در پاکستان نقش داشته‌اند. به گفته او، ۱.۷ میلیون مهاجر افغان در پاکستان بدون مدارک معتبر اقامتی زندگی می‌کنند و این افراد می‌توانند در بی‌ثبات کردن کشور نقش داشته باشند، لذا باید اخراج شوند. 

تصمیم دولت پاکستان برای اخراج ۱.۷ میلیون مهاجر افغان با واکنش‌های مختلف داخلی و خارجی رو‌به‌رو شده است. مقام‌های طالبان از دولت پاکستان خواسته‌اند تا در این تصمیم خود تجدیدنظر کند. ملا محمد یعقوب، سرپرست وزارت دفاع طالبان، چندی پیش هشدار داده بود که اخراج مهاجران افغان از پاکستان، می‌تواند روی رابطه دو کشور تاثیر منفی بگذارد. ملا یعقوب اخراج مهاجران را «وحشت و بربریت» خوانده بود. عبدالسلام حنفی، معاون نخست‌وزیر طالبان، نیز جمعه، ۲۸ مهر (۲۰ اکتبر)، در دیدار با سفیر پاکستان در کابل، از مقام‌های پاکستانی خواست که از اخراج مهاجران افغان خودداری کنند. او گفت که این اقدام پاکستان می‌تواند میان دو دولت و دو ملت فاصله بیندازد. 

سازمان ملل متحد، نهادهای‌ حامی مهاجران و شماری از دولت‌ها، از جمله آمریکا، نیزاز دولت پاکستان خواسته‌اند که پناهجویان افغان را اخراج نکند. با این حال، پاکستان تاکید دارد که بر تصمیم خود استوار است و حتی تمدید مهلت تعیین‌شده نیز ممکن نخواهد بود. 

به گفته مقام‌های پاکستانی، در حال حاضر حدود چهار میلیون شهروند افغانستان، در پاکستان زندگی می‌کنند که ۱.۷ میلیون تن از آنان غیرقانونی به این کشور وارد شده‌اند. دولت پاکستان گفته است که این ۱.۷ میلیون نفر را اخراج می‌کند. با این حال، وزارت کشور پاکستان گفته است که افراد مرتبط با برنامه اسکان مجدد که در انتظار انتقال به کشور‌های ثالث از طریق پاکستان‌اند، چنانچه مدارک معتبری در این زمینه داشته باشند، اخراج نخواهند شد.