رژیم طالبان در واکنش به کشته شدن اسماعیل هنیه، رئیس دفتر سیاسی حماس، با صدور بیانیه‌ای، دفاع از فلسطین را «واجب اسلامی و انسانی» خواند و کشته شدن هنیه را «ضایعه‌ای بزرگ» توصیف کرد.

در این بیانیه که دفتر نخست‌وزیر این گروه منتشر کرده و لحن محتاطانه‌ای دارد، آمده است که هنیه «در راه مبارزه و جهاد قربانی و در یک حمله‌ در تهران کشته شد».

این بیانیه «شهادت» را «بزرگ‌ترین کامیابی یک مجاهد» دانسته و ادعا کرده که اسماعیل هنیه در راهی که برگزیده بود، کامیاب شد؛ با این حال به نوع این حمله که رسانه‌های نزدیک به سپاه پاسداران آن را «تروریستی» خوانده‌اند، اشاره‌ای نکرده است.

هرچند دولت اسرائیل هنوز به صورت رسمی مسئولیت حمله به اسماعیل هنیه را برعهده نگرفته است، رسانه‌ها و مقام‌های جمهوری اسلامی این حمله را کار اسرائیل دانسته‌اند اما در بیانیه طالبان به این مورد هم اشاره‌ای نشده و تنها در بخشی از آن آمده که اسرائیل در فلسطین نسل‌کشی کرده است.

رهبران ارشد طالبان از جمله ملا عبدالغنی برادر و مولوی عبدالکبیر، معاونان نخست‌وزیر طالبان، و ملا امیرخان متقی، وزیر خارجه این گروه، نیز به کشته شدن اسماعیل هنیه واکنشی نشان نداده‌اند.

مولوی عبدالکبیر که برای شرکت در مراسم تحلیف مسعود پزشکیان، رئیس‌جمهوری ایران به تهران سفر کرده است، روز سه‌شنبه در حاشیه مراسم تحلیف با اسماعیل هنیه دیدار کرده بود.

پیش از این، ملا برادر نیز در مراسم تشییع ابراهیم رئیسی و حسین امیرعبداللهیان، در تهران با اسماعیل هنیه ملاقات کرده بود.

سران گروه طالبان از زمان بازگشت به قدرت پیوسته با رهبران حماس در ارتباط بوده‌اند و دیپلمات‌های این گروه در قطر نیز به مناسبت‌های مختلف با اعضای دفتر حماس در دوحه دیدار می‌کنند. 

انس حقانی، عضو ارشد شبکه حقانی، در پیامی که درباره کشته شدن اسماعیل هنیه منتشر کرد، گفت برای مردم فلسطین صبر و استقامت آرزو می‌کند. با این حال او نیز در پیامش به نقش اسرائیل در این حمله و جنگ جاری میان اسرائیل و حماس اشاره‌ای نکرد.

شماری از اعضای طالبان هم با انتشار پیام‌‌هایی جمهوری اسلامی و نهادهای امنیتی آن را مسئول قتل اسماعیل هنیه در تهران دانسته‌اند. از جمله حمید خراسانی، فرمانده پنجشیری طالبان و از چهره‌های جنجالی این گروه، که در یک پیام ویدیویی ادعا کرده رژیم جمهوری اسلامی مسئول قتل اسماعیل هنیه است.

حمید خراسانی پیش از این در پیام‌هایی از جیش‌العدل، گروه شبه‌نظامی فعال در بلوچستان ایران، و تحریک طالبان پاکستانی حمایت کرده بود. او معتقد است که ملا اختر محمد منصور، رهبر پیشین طالبان، نیز در نتیجه همکاری نهادهای امنیتی جمهوری اسلامی با آمریکا، کشته شد.

ملا منصور ۲۱ مه ۲۰۱۶ و در حالی که از سفری از ایران به پاکستان برمی‌گشت، در بلوچستان پاکستان بر اثر حمله هوایی نیروهای آمریکایی کشته شد.

حمید خراسانی می‌گوید که «کسانی که ایران را دوست و مسلمان می‌پندارند، گمراه‌اند».

این فرمانده طالبان در حالی نهادهای رژیم جمهوری اسلامی را به همدستی در قتل اسماعیل هنیه متهم کرد که بنا به ادعای نهادهای امنیتی اسرائیل، حماس بخشی از امکانات نظامی و مالی‌اش را از جمهوری اسلامی دریافت می‌کند.

پس از حمله مرگبار حماس به اسرائیل در هفتم اکتبر ۲۰۲۳ و آغاز درگیری میان ارتش اسرائیل و حماس، طالبان بارها حمایتشان را از حماس اعلام کردند، اما از برگزاری تظاهرات در حمایت از فلسطین و حماس در شهرهای افغانستان جلوگیری کردند.