قاری حبیب‌الله بدر، معاون نظامی امور تنظیم زندان‌های طالبان، یکشنبه، ۴ تیر (۲۵ ژوئن)، ادعا کرد که هیچ‌یک از زندانیان در زندان‌های این گروه ضرب‌و‌شتم و شکنجه جسمی و روحی نشده است. 

او گفت که بر اساس فرمان ملا هیبت‌الله آخوندزاده، رهبر طالبان، با تمام زندانیان برخورد «نیک و حسنه» می‌شود. 

او گفت: «الحمدالله در تمام افغانستان تا اینک یک مورد از لت‌وکوب، شکنجه روحی و جسمی به ثبت نرسیده است.» 

او تاکید دارد که با صدور امریه‌های کتبی متعدد به زندانبان‌های این گروه هشدار داده است که زندانیان را شکنجه نکنند.  

این مقام طالبان همچنین با تاکید بر ایجاد مدارس دینی در زندان‌های افغانستان، گفت که این روند ادامه دارد.  

با روی کار آمدن حکومت طالبان، ساخت و فعال‌سازی مدارس دینی و مساجد،  از اولویت‌های اصلی این گروه بوده است. طالبان می‌کوشند از ظرفیت این مراکز برای تبلیغ دیدگاه‌های افراطی خود و سربازگیری از شهروندان استفاده کنند. 

گروه طالبان همچنین می‌کوشد زندانبانان این گروه را آموزش دهد، زیرا بخش بزرگی از کارکنان زندان‌ها در حکومت پیشین، اخراج شده‌اند و طالبان افراد خود را به جای آنان گمارده‌اند.

عبدالواحد، از مسئولان مرکز آموزشی اداره تنظیم امور زندان‌های طالبان، گفت که ۱۲۴ تن از نیروهای این گروه، دوره‌های آموزشی را برای گمارده شدن به مسئولیت‌هایی در زندان‌ها سپری کرده‌اند. 

او گفت که این افراد از ۳۴ استان افغانستان برای آموزش‌های عقیدتی به مرکز آموزشی اداره تنظیم امور زندان‌ها آمده بودند و دوره دو ماهه آموزش را سپری کرده‌اند. 

شمار شهروندانی که در زندان‌های طالبان به سر می‌برند، مشخص نیست.  

هرچند طالبان ادعا می‌کنند که شکنجه و ضرب‌وشتم در زندان‌های این گروه وجود ندارد، تاکنون به هیچ نهاد ناظر و مدافع حقوق بشر و فعالان مدنی اجازه نظارت و بازدید از زندان‌های خود نداده‌اند. طالبان حتی به رسانه‌های داخلی هم اجازه پوشش رویدادهای مرتبط با زندان‌ها را نمی‌دهند و روشن نیست که در زندان‌های این گروه چه می‌گذرد. 

طالبان هشتم خرداد جسد جمشید میرزایی، عضو پیشین امنیت ملی هرات، را به خانواده‌اش تحویل دادند و به آن‌ها هشدار دادند که این موضوع را رسانه‌‌ای نکنند. طالبان این نظامی پیشین را پس از بازگشتش از ایران، در مرکز شهر هرات بازداشت، و سپس شکنجه و مضروب کرده بودند. منابع محلی در استان هرات در آن زمان گفتند که طالبان دست‌ها وپاهای این نظامی پیشین را حین شکنجه شکسته بودند.  

این یک مورد کوچک از شکنجه و قتل نظامیان پیشین در زندان‌های طالبان است که عوامل آن افشا و بازداشت نمی‌شوند. 

منابع مطلع از استان پنجشیر به ایندیپندنت فارسی می‌گویند که طالبان شمار زیادی از جوانان را به اتهام عضویت در جبهه مقاومت ملی بازداشت کرده‌اند و بیشتر این افراد در زندان‌های استخبارات طالبان تحت شکنجه‌اند. این منابع می‌افزایند که زندانیان به وکیل مدافع دسترسی ندارند و بسیار دشوار می‌توانند با خانواده‌های خود تماس بگیرند.  

شماری از افرادی که در زندان‌های طالبان محبوس بوده‌اند، ادعا می‌کنند که طالبان به پایین‌تنه‌ آنهاا شلاق می‌زدند تا نتوانند این موارد را رسانه‌‌ای کنند. طالبان شماری از زنان معترض را هم بازداشت و شکنجه کرده‌اند. 

پس از تسلط مجدد طالبان بر افغانستان در ۱۵ اوت ۲۰۲۱، رهبر این گروه فرمان عفو عمومی صادر کرد و به مقام‌های دولتی و نظامیان حکومت سابق اطمینان داد که جان و مالشان در امان است و می‌توانند به زندگی در افغانستان ادامه دهند. با این حال، گزارش‌های متعددی از بازداشت، شکنجه و کشتار نظامیان سابق در افغانستان موجود است. طالبان به این موارد هیچ پاسخی نمی‌دهند و اغلب قتل‌هایی که به دست نیروهای طالبان رخ می‌دهد، به‌ دلیل اختناق رسانه‌ای بازتاب داده نمی‌شود. 

پس از فروپاشی نظام جمهوریت، شماری از مقام‌های حکومت پیشین از ترس حمله‌های انتقامجویانه طالبان به خارج از کشور گریختند و این روند همچنان ادامه دارد. برخی از نظامیان سابق هم که فرصت نیافتند از افغانستان خارج شوند، در خفا زندگی می‌کنند تا از حمله‌های تلافی‌جویانه جنگجویان طالبان در امان بمانند.