ترور محسن فخری‌زاده، چهره ارشد برنامه هسته‌ای جمهوری اسلامی ایران، گلایه برخی از چهره‌های سیاسی و نظامی کشور را از سیستم اطلاعاتی و امنیتی نظام برانگیخته است. 

محسن رضایی، از چهره‌های سپاهی کشور و دبیر مجمع تشخیص مصلحت نظام، به حسن روحانی نامه نوشته است و به رئیس جمهوری گفته است که سازمان‌های اطلاعاتی باید موظف شوند که نفوذی‌های سازمان‌های جاسوسی را شناسایی کنند. 

خبرگزاری‌های داخلی مانند فارس و ایسنا، نامه محسن رضایی را خطاب به رئیس جمهوری منتشر کرده‌اند. در این نامه آمده است که «سازمان‌های اطلاعاتی کشور موکداً موظف شوند که منابع اصلی و نفوذی‌های سازمان‌های جاسوسی را شناسایی کنند و شیوه‌های شکل‌گیری تیم‌های ترور و سرپل‌های همکاری آنها با یکدیگر را کشف و خنثی کنند.»

بنا به نوشته محسن رضایی، «ادامه چنین اقدامات تروریستی نشانگر ضعف سازمان‌های اطلاعاتی کشور خواهد بود.» رضایی البته توصیه‌های مشخصی هم به رئیس جمهوری و وزارت امور خارجه کرده است تا با این گونه اقدامات جاسوسی به درستی برخورد کنند. 

رضایی تاکید کرده که سازمان‌های اطلاعاتی و امنیتی باید جدی‌تر از گذشته عمل کنند.

رضایی با تاکید دوباره بر ضعف در سیستم امنیتی کشور، گفته است: «بدیهی است کمک گرفتن از مردم و استفاده از فناوری‌های پیشرفته در خنثی سازی این گونه حرکات تروریستی، امری اجتناب ناپذیر است.»

گذشته از محسن رضایی که روایت «نفوذ» دشمنان در مراکز امنیتی و «ضعف سیستم امنیتی و اطلاعاتی» را در نامه به رئیس جمهوری پیش کشیده است، حسین دهقان، مشاور فرمانده کل قوا در صنایع دفاعی، و از چهره‌های نظامی کشور که بحث حضور او در انتخابات ریاست جمهوری ۱۴۰۰ جدی است، در یک برنامه تلویزیونی حاضر شد و او نیز روایت «نفوذ» و «ضعف در سیستم امنیتی و اطلاعاتی» را به بهانه ترور فخری‌زاده به میان آورد. 

حسین دهقان، با اشاره به رخنه جاسوسی در مراکز امنیتی کشور، صراحتا گفته است که «این که از کجا این رخنه و نفوذ صورت می‌گیرد را مقامات مسئول باید جواب‌ دهند.» هرچند این مقام نظامی مشخصا کسی را از مسئولان حکومتی خطاب قرار نداده است، اما می‌توان تلویحا مقامات امنیتی دولت را مخاطب سخنان او دانست.

حسین دهقان، با اشاره به آن که تیم حفاظتی محسن فخری‌زاده «در سطح بالا» بوده است و خودروهای متناسب با آن وضعیت در اختیار وی بوده است، گفت: «این که چرا این اتفاق افتاد، باید از این منظر سوال شود که چرا اشراف اطلاعاتی و امنیتی که در سطح ملی امروز داریم، یک جاهایی در آن رخنه صورت می‌گیرد و امکان چنین عملیاتی در کشور به وجود می‌آید.»

به نظر می‌رسد که روایت نفوذ و رخنه در سیستم‌های امنیتی کشور بار دیگر به بحث اصلی نیروهای اطلاعاتی ایران بدل شده است؛ بحثی که در دوران ریاست‌جمهوری حسن روحانی بارها به شکل گسترده مطرح شد و حتی اتهامات زیادی به بعضی نزدیکان دولت هم وارد آمد. با این ‌حال، روایت نفوذ در پیوند با حادثه ترور فخری‌زاده، حداقل در زبان برخی مقامات، به اقرار درباره ضعف سیستم امنیتی و اطلاعاتی هم آغشته است. 

مشخص نیست که واکنش مقامات امنیتی به این انتقادها چه خواهد بود. اما با توجه به سابقه مقامات امنیتی در جمهوری اسلامی ایران، هیچ بعید نیست که مانند ماجرای اعترافات اجباری مازیار ابراهیمی که در پرونده ترور دانشمندان هسته‌ای ایران، دستگیر و شکنجه و ناچار به اعتراف اجباری شد، این بار نیز در یک سناریوسازی جدید و نمایش اقتدار امنیتی، تعدادی از شهروندان بی‌گناه به جرم نفوذ و ترور محاکمه شوند.