پس از آنکه مجلس شورای اسلامی تفاهم دولت با آژانس بین‌المللی انرژی اتمی را «مشکوک» خواند و رهبر جمهوری اسلامی تاکید کرد که دو طرف باید قضیه را با همکاری یکدیگر حل کنند، روسای دو کمیسیون تخصصی مجلس موظف به حل ختلافات بین قوه مقننه و مجریه شدند.
محمدباقر قالیباف، رئیس مجلس شورای اسلامی، مجتبی ذوالنوری و فریدون عباسی رؤسای کمیسیون‌های امنیت ملی و سیاست خارجی و انرژی مجلس را مأمور تعامل با دولت با محوریت دبیرخانه شورای‌عالی امنیت ملی کرد.
بر اساس گزارشی که تسنیم منتشر کرده، امروز پنجم اسفندماه، قالیباف از ذوالنوری و عباسی خواسته که درباره اجرای ماده ۶ قانون اقدام راهبردی برای لغو تحریم‌ها (مربوط به توقف اجرای پروتکل الحاقی) با جلب نظر اعضای دو کمیسیون و با محوریت دبیرخانه شورای‌عالی امنیت ملی در تعامل با دولت از جمله سازمان انرژی اتمی و وزارت امور خارجه، موضوع را به‌سرعت پیگیری کنند.
سفر یک روزه رافائل گروسی، رییس آژانس بین‌المللی انرژی اتمی، به تفاهمی با دولت ایران مبنی بر ادامه نظارت‌های ضروری بازرسان آژانس بر فعالیت‌های هسته‌ای ایران منجر شد که اعتراض نمایندگان مجلس را در پی داشت.
محمدباقر قالیباف، رئیس مجلس شورای اسلامی ساعاتی پس از اعلام توافق ایران و آژانس بین‌المللی انرژی اتمی برای حفظ نظارت‌های محدودتر بر تاسیسات هسته‌ای، روز چهارم اسفندماه در صفحه توییتر خود نوشت: «مطابق قانون مجلس، اجرای پروتکل الحاقی از پنجم اسفند به طور کامل متوقف خواهد شد و هر نوع دسترسی فراتر از پادمان مطلقا ممنوع و غیرقانونی است.»
مالک شریعتی، نماینده تهران در مجلس در توییتر این تفاهم را«مشکوک» خواند که «احتمال قوی نقض قانون هسته‌ای مجلس» در آن وجود دارد.
۲۲۱ نماینده مجلس نیز به درخواست کمیسیون امنیت ملی مجلس برای معرفی روحانی و دیگر کسانی که از قانون مجلس تخطی کرده‌اند رأی مثبت دادند.
اما ساعاتی پس از این واکنش تند مجلس، علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی، با اشاره با اختلاف برداشتی که مجلس از کار دولت دارد، افزود: «این اختلاف‌نظرها قابل حل است و باید دو طرف، قضیه را با همکاری یکدیگر حل کنند و نباید اختلاف‌ها رها و یا تشدید شود که نشان‌دهنده دوصدایی باشد.»
