نماینده رهبر جمهوری اسلامی در مشهد با اشاره به سفر پاپ فرانسیس به عراق و دیدار آیت‌الله علی سیستانی با وی اظهار داشت:« می‌خواستند نشان دهند حوزه علمیه نجف یک حوزه سکولار است و کاری به سیاست ندارد و حوزه قم یک حوزه انقلابی سیاسی است و شیعه دارای دو حوزه می‌باشد، یکی سکولار و دیگری انقلابی‌-سیاسی.» 

احمد علم‌الهدی در ادامه مدعی شد: «رسانه‌ها قصد داشتند مرجعیت شیعه را هم یک مرجعیت دو قطبی کنند. یک مرجع سکولار، آیت‌الله سیستانی، و یک مرجع انقلابی سیاسی، آیت‌الله خامنه‌ای.»

او در بخش دیگر سخنانش به مسئله حشدالشعبی پرداخت و ادعا کرد که پاپ از طرف آمریکا مأموریت داشته و سعی داشته آیت‌الله سیستانی را وادار کند که از مردم عراق و حشدالشعبی بخواهد که به جنگ با آمریکا نروند. 

به نظر می‌رسد این سخنان در واکنش به مواضع اخیر آیت‌الله سیستانی در برابر حشدالشعبی مطرح می‌شود و به افزایش انتقادهای تلویحی و آشکار از آیت‌الله سیستانی در رسانه‌های جمهوری اسلامی انجامیده است.

پیش‌تر، چهار گروه شبهه نظامی نزدیک به آیت‌الله سیستانی رسماً اعلام کردند که از این به بعد دستورهای خود را تنها از نخست‌وزیر خواهند گرفت و دیگر از فرماندهی حشدالشعبی تمکین نخواهند کرد. در همین راستا یکی از فرماندهان کتاب حزب‌الله عراق، این اقدام را باعث تضعیف حشدالشعبی و کاهش پایگاه مردمی آن دانست. به نظر می‌رسد همین موضوع باعث شکاف بین هواداران شیعه جمهوری اسلامی در عراق شده است. حکومت ایران به‌هیچ‌وجه دوست ندارد نفوذش بر شیعیان عراق، کاهش یابد.

در پی این ماجرا، حسین شریعتمداری، نماینده علی خامنه‌ای در روزنامه کیهان، در یادداشتی، از دیدار آیت‌الله سیستانی با خانم «جنین هنیس پلاسخارت»، نماینده ویژه سازمان ملل انتقاد کرد. سیستانی در آن دیدار از سازمان ملل خواسته بود تا در مراحل مختلف برگزاری انتخابات در عراق، نظارت کند. نماینده رهبر جمهوری اسلامی در مؤسسه کیهان، این درخواست را باعث بدبینی به ملت و خوش‌بینی به بیگانگان دانست و سازمان ملل را اهرمی در دستان کشورهای زورگو عنوان کرد. او در ادامه خواستار اصلاح این اشتباه توسط آیت‌الله سیستانی و دفتر وی شد

به نظر می‌رسد سخنان علم‌الهدی نیز پس از آن مطرح می‌شود که بسیاری از روحانیون نزدیک به حکومت و افراد داخل حاکمیت، از اینکه پاپ به‌جای سفر به ایران و دیدار با علی خامنه‌ای به عراق سفر کرد و با آیت‌الله سیستانی دیدار کرده، ناراحت و عصبانی هستند.

صداوسیمای جمهوری اسلامی این دیدار تاریخی و مهم را بایکوت خبری کرد و تنها به یک خبر کوتاه بسنده کرد. همچنین مراجع قم نیز در برابر این موضوع سکوت اختیار کردند.

آیت‌الله علی‌اکبر رشاد، رئیس شورای حوزه‌های علمیه استان تهران در حالی که تلاش کرد این ملاقات را مسئله‌ای عادی جلوه دهد، پاپ را یک «اسقف تندرو علیه مسلمانان» خواند و با طرح این پرسش که چرا پاپ کشتن قاسم سلیمانی را محکوم نکرد و حالا به عراق سفرکرده، گفت: «آیا جا نداشت که به آقای ترامپ مسیحی می‌گفت: که چرا یک فرمانده برجسته نظامی را که بزرگ‌ترین و گسترده‌ترین نقش را در نابودی داعش و جلوگیری از خشونت در منطقه و تجاوز به دیگر کشورها ایفا کرد، چرا ترور کردید؟»