حسین امیر عبداللهیان وزیر خارجه ایران با صدور حکمی علی باقری کنی را به عنوان معاون سیاسی وزارت خارجه برگزید. به این ترتیب علی باقری که از مذاکره کنندگان هسته‌ای در زمان سعید جلیلی بود، جایگزین عباس عراقچی شد.
با حکم وزیر خارجه ایران، محمد فتحعلی به عنوان معاون اداری و مالی و مهدی صفری نیز به عنوان معاون دیپلماسی اقتصادی وزارت امورخارجه منصوب شدند.
لازم به ذکر است آقای عبداللهیان در احکام جداگانه‌ای معاونین سابق وزارت خارجه، عباس عراقچی، علی ابوالحسنی و سید رسول مهاجر، را به عنوان مشاور وزیر امورخارجه منصوب نمود.
علی باقری در دوران ریاست جمهوری حسن روحانی، از منتقدان مذاکرات هسته‌ای بود.
وی برادرزاده محمدرضا مهدوی کنی است.
علی باقری سال ۱۳۹۸ و در دورانی که ابراهیم رئیسی رئیس قوه قضائیه بود، به عنوان معاون امور بین‌الملل و رئيس ستاد حقوق بشر قوه قضائیه، منصوب شد.
