باوجود تایید برخی نمایندگان مجلس، حسن مروتی، معاون سازمان سنجش آموزش کشور، خریدوفروش سوالات کنکور را انکار کرد و مدعی شد: «از زمان تاسیس سازمان سنجش در سال ۱۳۴۷ تا به امروز، یک سوال هم از این مجموعه خارج نشده است.»

او این ادعا را در حالی مطرح کرد که هم‌زمان با برگزاری آزمون سراسری در تیرماه، سوالات برخی گروه‌ها در فضای مجازی منتشر شد. همچنین احمدرضا سنگری، عضو کمیسیون آموزش مجلس به‌تازگی خبر داد که پیش از برگزاری آزمون سراسری ۱۴۰۱، سوالات کنکور پزشکی تا یک میلیارد تومان خرید‌وفروش شده‌اند.

او افزود که تجهیزات ویژه‌ای مثل خودکار و عینک از برخی داوطلبان کنکور کشف شده‌اند که بین ۱۵ تا ۲۵ میلیون تومان قیمت دارند و در کسری از ثانیه می‌توانند اطلاعات را به خارج از محل برگزاری آزمون ارسال و پاسخ‌ را دریافت کنند.

پیش‌تر احمد نادری، دیگر عضو کمیسیون آموزش مجلس نیز «تقلب» و لو رفتن سوالات کنکور سراسری را تایید کرده و گفته بود: «برخی تخلفات در کنکور صحت دارد و برخی از آن‌ها هم هنوز صحت‌یابی‌ نشده‌اند.»

روز جمعه ۱۰ تیر در هنگامی‌که داوطلبان گروه تجربی در حال پاسخگویی به سوالات آزمون سراسری در حوزه‌های امتحانی بودند، پاسخنامه سوالات در فضای مجازی منتشر شد و کانال تلگرامی شورای هماهنگی تشکل‌های صنفی معلمان با انتشار تصاویر آن‌ها افشا کرد که پاسخنامه‌ها بین ۳۵۰ تا ۵۰۰ میلیون تومان به فروش رفته‌اند.

در روزهای منتهی به برگزاری آزمون سراسری و پس از انتشار خبرهایی درباره لو رفتن سوالات کنکور، عبدالرسول پورعباس، رئیس سازمان سنجش، از شناسایی ۱۲ شبکه تخلف و دستگیری بیش از ۴۸۰ «داوطلب متقلب» خبر داده بود. 

او حتی اذعان کرد که اگر در سال‌های گذشته تقلب در کنکور به نگاه‌ کردن داوطلبان به چپ و راست محدود بود، اکنون به رسیدن سوالات به دست داوطلبان منجر شده است .

با این حال رئیس سازمان سنجش اندکی پس از برگزاری آزمون سراسری و هنگامی‌که حاشیه‌های آن به اوج رسیده بود، در یک برنامه تلویزیونی حاضر شد و بدون اشاره به سخنان پیشین خود قسم خورد که «تقلب در کنکور ممکن نیست».

رئیس سازمان سنجش این ادعا را در حالی مطرح کرد که جنجال‌های مربوط به تقلب در کنکور سراسری به گوش دولت رئیسی نیز رسیده و او محمد مخبر، معاون اول خود را مامور رسیدگی به این موضوع کرده بود.

کارشناسان آموزش در سال‌های اخیر به‌تناوب هشدار داده‌اند که آزمون سراسری، مافیای آموزش را در ایران فربه‌ و به داوطلبان و خانواده‌های آنان آسیب وارد کرده است.

به گفته آنان مافیای کنکور در سطوح بالای مدیریتی جمهوری اسلامی ایران نفوذ دارد و مانع حذف کنکور می‌شود.

اقدام شورای عالی انقلاب فرهنگی برای دومرحله‌ای شدن کنکور از سال ۱۴۰۲ تا حد زیادی این گمانه‌زنی‌ها را تشدید می‌کند. 

حذف دروس عمومی، حذف زیرگروه‌ها، تاثیر قطعی سوابق تحصیلی و برگزاری دو آزمون در سال تغییراتی‌اند که با تصمیم شورای عالی انقلاب فرهنگی، از سال ۱۴۰۲ در آزمون سراسری اعمال می‌شوند. تغییرهایی که انتقاد شدید کارشناسان آموزش و برخی نمایندگان مجلس را در پی داشت؛ زیرا به گفته آنان، برگزاری دو آزمون در سال، فشار مضاعفی به داوطلبان کنکور وارد می‌کند اما به قدرتمندتر شدن مافیای کنکور منجر می‌شود. 

همچنین احتساب سوابق تحصیلی نیز با عدالت آموزشی منافات دارد؛ زیرا همه دانش‌آموزان در نقاط مختلف ایران در شرایط یکسان تحصیل نمی‌کنند. با این حال عبدالرسول پورعباس، رئیس سازمان سنجش، می‌گوید که مصوبه شورای عالی انقلاب فرهنگی «قانون» و اجرای آن «الزامی» است.

پیش‌تر احمد نادری با بیان اینکه این مصوبه به طبقاتی شدن آموزش در کشور دامن می‌زند، گفته بود: «در مصوبه شورا، تاثیر معدل در سه سال پایانی ۶۰ درصد و تاثیر کنکوری که دو بار در سال برگزار خواهد شد، به ۴۰ درصد خواهد رسید؛ این یعنی مافیایی که در کنکور نقش‌آفرینی می‌کرد، به آموزش‌وپرورش نیز نفوذ خواهد کرد.»

همچنین به گفته او «وقتی ارزیابی به عهده مدارس باشد، عملا مافیای کنکور را به مدارس خواهیم آورد و آموزش‌وپرورش را سراسر مافیا خواهیم کرد».

مصوبه کنکور شورای عالی انقلاب فرهنگی ۱۷ خرداد ۱۴۰۱ تصویب شد و ابراهیم رئیسی نیز روز ۲۵ تیرماه آن را ابلاغ کرد. با ابلاغ این مصوبه، یک آزمون در دی‌ماه و یک آزمون در تیرماه برگزار می‌شود.