برخی گزارش‌ها حاکی از آن است که در پی درگیری‌‎های شدید سه روز گذشته میان طالبان و نیروهای جبهه مقاومت ملی افغانستان در بدخشان، به دو طرف تلفاتی وارد شده است.

برخی منابع در بدخشان روز پنجشنبه، ۲۸ مهر، به ایندیپندنت فارسی گفتند که درگیری میان دو طرف، روز یکشنبه آغاز شد و در روزهای دوشنبه، سه‌شنبه و چهارشنبه تا بخش‌های مختلف شهرستان‌های شیوه و یفتل گسترش یافت.

فرماندهی نیروهای جبهه مقاومت ملی در جریان این نبردها را عبدالحمید مجاهد و سید بحرالدین به عهده دارند. برخی اعضای طالبان در رسانه‌های اجتماعی خبر کشته شدن سید بحرالدین را منتشر کردند، اما منابع در بدخشان، کشته شدن این فرمانده جبهه مقاومت ملی را تایید نمی‌کنند.

به گفته این منابع، در نبردهای سه روز گذشته، ۳۰ تن از نیروهای طالبان کشته و ۱۶ تن زخمی شده‌اند. همچنین گفته می‌شود سه تن از نیروهای جبهه مقاومت ملی نیز در جریان این درگیری‌‎‌ها جان باخته‌اند. منابع رسمی در گروه طالبان و جبهه مقاومت ملی افغانستان هنوز این آمار را تایید نکرده‌اند.

درگیری در بدخشان پس از آن شدت یافت که مولوی امان‌الدین منصور، فرمانده اهل بدخشان طالبان، در تاریخ ۱۸ مهر استاندار طالبان در بدخشان شد. امان‌الدین تاجیک‌تبار و اصالتا بدخشانی است و در ۲۰ سال گذشته، در صفوف طالبان علیه دولت‌های پیشین افغانستان جنگیده است.

پس از فروپاشی دولت پیشین افغانستان و بازگشت طالبان به قدرت هم مولوی امان‌الدین استاندار طالبان بدخشان شد، اما در ماه نوامبر از این مسند کنار رفت و به فرماندهی نیرو هوایی طالبان منصوب شد. پس از آنکه در ماه‌های اخیر، فعالیت جبهه مقاومت ملی در بدخشان افزایش یافت و عبدالحمید مجاهد، فرمانده پیشین طالبان، با حدود ۱۰۰ تن از نیروهایش به این جبهه پیوست، طالبان بار دیگر مولوی امان‌الدین را استاندار بدخشان کردند تا جبهه مقاومت ملی را سرکوب کند.

در یک ماه گذشته، نیروهای جبهه مقاومت ملی چندین بار به مواضع طالبان حمله کرده و به افراد این گروه تلفاتی وارد کرده‌اند. در یک مورد، نیروهای جبهه مقاومت مولوی اکرم، فرماندار طالبان در شهرستان شکی، را به اسارت گرفتند و شامگاه ۱۲ مهر، ویدیو اسارت فرماندار طالبان به دست نیروهای جبهه مقاومت ملی در حالی پخش شد که ملا یعقوب، وزیر دفاع طالبان، برای بررسی اوضاع امنیتی بدخشان، به شهر فیض‌آباد، مرکز بدخشان، سفر کرده بود.

منابع در بدخشان می‌گویند شماری از جنگجویان طالبان که بومی‌ بدخشان و از قوم تاجیک‌اند، از شرکت در جنگ علیه جبهه مقاومت ملی خودداری کرده‌اند. مولوی امان‌الدین منصور دو هفته قبل و پس از آغاز به کار به عنوان استاندار طالبان در بدخشان، هشدار داد که به هیچ کس اجازه نمی‌دهد در بدخشان علیه امارت طالبان فعالیت کند.

 امان‌الدین در ماه آوریل نیز با راه‌اندازی عملیاتی در بدخشان، به سنگرهای جبهه مقاومت ملی حمله کرد و چند عضو آن را کشت و یک فرمانده این جبهه را بازداشت کرد.

مولوی امان‌الدین و قاری فصیح‌الدین، دو فرمانده ارشد نظامی طالبان در شمال‌ که هر دو اهل بدخشان‌اند، در سرکوب جبهه مقاومت ملی در پنجشیر و راه‌اندازی عملیات علیه مولوی مهدی، فرمانده ناراضی هزاره‌تبار طالبان در بلخاب و لشکرکشی به بغلان نقش عمده‌ای داشتند.