در سال‌های ابتدایی وقوع انقلاب اسلامی که ماشین کشتار و سرکوب حکومت علیه شهروندان بهایی راه افتاده بود، دونالد ریگان در پیامی از روح‌الله خمینی، بنیان‌گذار جمهوری اسلامی خواست اعدام ۱۲ شهروند بهایی را متوقف کند، خمینی این پیام را دلیلی بر اثبات اتهام‌های حکومتی علیه بهاییان دانست و از آن زمان نه‌تنها سرکوب و کشتار شهروندان بهایی متوقف نشد بلکه افزایش نیز یافت. بررسی‌های آماری خانه اسناد بهایی‌ستیزی در ایران نشان می‌دهد در طول بیش از چهار دهه حکمرانی جمهوری اسلامی در ایران دست‌کم ۲۲۵ شهروند بهایی کشته یا اعدام شده‌اند.

پایگاه داده‌های باز ایران، با استناد به منابع مستند جامعه بهایی و اسناد موجود در وب‌سایت خانه اسناد بهایی‌ستیزی در گزارشی آماری و تحقیقی نوشت از زمان وقوع انقلاب اسلامی ۱۵۸ بهائی با حکم دادگاه‌های جمهوری اسلامی تیرباران یا به دار آویخته شدند. همچنین ۱۲ نفر در زندان و در اثر شکنجه جان باختند. ۱۶ نفر پس از تهدید عوامل حکومتی ناپدید شدند و ۳۹ نفر نیز با حمایت نهادهای مذهبی و سیاسی حکومت به قتل رسیدند.

البته این آمار تنها آن‌ دسته از جان‌باختگان را شامل می‌شود که مرگ یا اعدام آن‌ها مستند شده و هویت، تاریخ و نحوه کشته‌شدگان مشخص است. به‌عبارت دیگر احتمال می‌رود که آمار وقعی جان‌باختگان بیش از این باشد.

شهروندان بهایی در طول چهار دهه گذشته همواره با آزار و اذیت‌های حکومتی مواجه بودند؛ اما بررسی‌ها نشان می‌دهد که شیوه‌های سرکوب سازمان‌مند آنان در دوره‌های مختلف جمهوری اسلامی تا حدودی متفاوت بوده است. به‌عنوان مثال بررسی جزئیات وضعیت قربانیان بهایی‌ستیزی حاکی از آن است که بیشتر آن‌ها در سال‌های نخست استقرار جمهوری اسلامی کشته شده‌اند.

بیشترین آمار ثبت شده مربوط به سال ۱۳۶۰ با رکورد اعدام و قتل ۵۲ نفر است. بعد از آن سال‌ ۱۳۵۹ با رکورد قتل و اعدام ۳۸ نفر و سال‌های ۱۳۶۲ و ۱۳۶۳ خونین‌ترین سال‌ برای جامعه بهایی بوده است. روند قتل و اعدام بهاییان از سال‌های پس از آن تا حدودی کندتر شد ولی جمهوری اسلامی در جهت آزار و اذیت شهروندان بهائی شیوه‌های دیگری از سرکوب را جایگزین کرد.

این موضوع در اسناد مربوط به تصمیم‌گیری‌های دهه ۶۰ نیز موجود است. اکبر هاشمی‌رفسنجانی که در در آن زمان به عنوان دومین فرد قدرتمند حکومت شناخته می‌شد، در خاطرات سال ۱۳۶۶ خود به جلسه‌ جامعه روحانیت مبارز اشاره کرده که طی آن برای هماهنگی سیاست‌های برخورد با بهاییان تصمیم‌گیری شده است: «شب [جلسه] شورای [جامعه] روحانیت مبارز [تهران] در دفتر من بود. درباره بهایی‌ها بحث شد. به نظر رسید، اگر سیاستی به ترتیب زیر در مورد آنها داشته باشیم، خوب است: ۱- اسم آنها را به عنوان بهایی در اسناد رسمی ثبت نکنند و جای مذهب را در ستون مربوط خالی بگذارند. ۲- به آنها حق استفاده از مواهب معمولی زندگی اجتماعی را بدهیم. ۳- به کارهای دولتی و سمت های مهم دیگر وارد نشوند. ۴ - اگر می‌خواهند به خارج [از کشور] بروند، اجازه رفتن بدهیم.»

این تصمیم‌ها به سرعت وارد عرصه‌های اجرایی شد و از آن پس، بازداشت، زندان، محرومیت از تحصیل و اشتغال، مصادره اموال، تخریب گورستان‌ها، تخریب مکان‌های مقدس بهائی و ممانعت از صدور مجوزهای کسب و کار بهائیان به رویه‌ای جاری در جمهوری اسلامی تبدیل شد.

یکی از بارزترین موارد نقض حقوق شهروندی بهاییان در ایران، محرومیت از تحصیل است. بررسی‌ها نشان می‌دهد در چهار دهه عمر جمهوری اسلامی دست‌کم ۱۸۶ دانش‌آموز و دانشجوی بهایی به دلیل باورهای مذهبی خود و خانواده‌شان از حق تحصیل محروم شده‌اند. چنان‌ که گفته شد، این آمار تنها شامل دانشجویانی است که اسناد دولتی یا قضایی در تایید محرومیت آنها از تحصیل وجود دارد.

 وضعیت محرومیت از تحصیل در دهه ۱۳۶۰ بحرانی‌تر از سایر دهه‌ها است، اما افزایش چشمگیر آمار محرومیت از تحصیل در نیمه دوم دهه ۱۳۸۰ نشان می‌دهد پس از آرامش نسبی دهه ۱۳۷۰ و بعد از روی کار آمدن دولت محمود احمدی‌نژاد، موج تازه‌ای از سرکوب و نقض حقوق شهروندی بهاییان در ایران آغاز شد. این رویه در سال‌های پس از آن نیز ادامه یافت.

مصادره اموال بهاییان نیز از اقدام‌های روشمند حکومت در سرکوب آنان است. جامعه جهانی بهایی بارها درباره افزایش مصادره اموال بهاییان با عاملیت ستاد اجرایی فرمان امام ابراز نگرانی کرده است.

پیش‌تر دیان علائی، نماینده جامعه جهانی بهائی در سازمان ملل متحد در ژنو، هم گفته بود: «مصادره املاک بهاییان از سوی ستاد اجرایی فرمان امام مرحله‌ای جدید و بسیار نگران‌کننده در آزار و اذیت بهائیان ایران است که نشان می‌دهد این سرکوب‌ها از سوی بالاترین سطوح رهبری ایران برنامه‌ریزی می‌شود.» در بیانیه دیان علائی آمده بود که رهبران ایران با «به فقر کشاندن و آواره ساختن بهائیان در حال انباشت ثروت خودند».

رهبران سیاسی و مذهبی ایران به بهائیان برچسب‌ها و اتهام‌هایی مانند «جاسوسی» می‌زنند تا زمینه سرکوب و آزار آن‌ها را فراهم کنند. به‌تازگی کاظم صدیقی، امام‌جمعه تهران و رئیس ستاد امر به‌معروف و نهی از منکر در سخنانی ادعا کرد که بهاییان «مزد می‌گیرند» و در «دامن زدن به بی‌حجابی» نقش دارند. ناصر مکارم شیرازی، از مراجع تقلید نیز ادعا کرد «بهاییت یک گروه سیاسی است و پیروان آن جاسوس‌اند».

چنین ادعاهایی به‌تناوب از سوی مقام‌های حکومتی ایران طی سال‌های پس از انقلاب تکرار شده است و بهاییان تحت همین عناوین بازداشت و محاکمه می‌شوند. در یکی از آخرین احکام صادره علیه شهروندان بهایی. اواخر خردادماه، دادگاهی در کرج ۱۳ شهروند بهائی را که در فعالیت‌های فرهنگی و آموزشی کودکان اشتغال داشتند در مجموع به ۴۰ سال و هفت ماه حبس محکوم کرد. این حکم عینا در شعبه ۱۲ دادگاه تجدید نظر کرج نیز تایید شد.

گزارشگران حقوق بشر سازمان ملل متحد بارها به رویکرد بهایی‌ستیزی جمهوری اسلامی ایران اعتراض کردند و آن را مصداق بارز بی‌توجهی حکومت به پیمان‌نامه‌های حقوق بشری دانستند اما حکومت ایران بی اعتنا به این هشدارها و با این ادعا که دین بهایی یک «فرقه ضاله» است و پیروان آن مرتدند، به فشار فزاینده خود بر شهروندان بهایی ادامه می‌دهد. بر اساس آمارهای غیررسمی، حدود ۳۰۰ هزار بهایی در ایران سکونت دارند.