چالش حسن روحانی به عنوان رئیس‌جمهور با سپاه پاسداران با حمله لفظی او به سپاه در سال ۱۳۹۶ شروع شد. حسن روحانی، در یک سخنرانی درباره خصوصی‌سازی اقتصادی  بدون ذکر نام سپاه، این نهاد را «دولتی در دولت» و «دولت با تفنگ» خواند که اسلحه و خبرگزاری هم دارد. روحانی گفت: «بخشی از اقتصاد دست یک دولت بی تفنگ بود که آن را به یک دولت با تفنگ تحویل دادیم، این اقتصاد و خصوصی‌سازی نیست.»

واکنش سپاه به این سخنان روحانی انتقاد متقابل بود. رسانه‌های سپاه انتقاد از حسن روحانی را آغاز کردند و سرلشکر عزیز جعفری، فرمانده سپاه پاسداران، هم با دفاع از فعالیت‌های اقتصادی سپاه گفت: «دولتی که تفنگ نداشته باشد، توسط دشمنان تحقیر و سرانجام تسلیم می‌شود.» سرلشکر جعفری افزود: «در شرایطی که ملت ایران بیش از هر زمان دیگری به فداکاری سربازان و اقتدار تفنگ‌ها و موشک‌هایش نیاز دارد، هجمه غیرمنصفانه به سپاه اهداف دیگری را به ذهن متبادر می‌کند که فقط برای حفظ وحدت درباره آن سکوت می‌کنیم.»

کمی بعد حسن روحانی عقب‌نشینی کرد و فرماندهان ارشد سپاه در دفتر روحانی به دیدارش رفتند. در این دیدار که قاسم سلیمانی، فرمانده نیروی قدس، عزیز جعفری، فرمانده کل سپاه و محمد پاکپور، فرمانده نیروی زمینی سپاه، حضور داشتند، روحانی از سپاه تمجید کرد.

سابقه چالش‌های روحانی و فرماندهان سپاه به دوران جنگ ایران و عراق بازمی‌گردد. در دوران جنگ، حسن روحانی دستیار ارشد اکبر هاشمی رفسنجانی، فرمانده جنگ، بود. نظر و شعار اصلی فرماندهان سپاه، جنگ جنگ تا پیروزی بود اما نظر و شعار هاشمی رفسنجانی جنگ جنگ تا یک پیروزی بزرگ و پایان دادن به جنگ از موضع برتر بود. در منازعه رفسنجانی و فرماندهان سپاه، روحانی موافق نظر رفسنجانی و مخالف نظر فرماندهان سپاه بود. فرماندهان سپاه هم با وجود اینکه مجبور بودند نظرات رفسنجانی را به عنوان فرمانده ارشد جنگ و منصوب شده از طرف آیت‌الله خمینی بپذیرند ولی چنین جایگاهی را برای حسن روحانی قائل نبودند و  او را در حد و اندازه‌ای نمی‌دیدند که مجبور باشند نظرات او را هم گوش دهند و اجرا کنند.

در چارچوب همین چالش‌ها، در اواسط دهه ۶۰، وقتی حسن روحانی به عنوان رئیس کمیسیون دفاع مجلس تلاش کرد موضوع ادامه جنگ و سود و زیان آن را در جلسه گروهی از نمایندگان مجلس موسوم به گروه عقلا مطرح کند، محسن رضایی، فرمانده وقت سپاه، به آیت‌الله خمینی نامه نوشت و گفت که این جلسات فرماندهی جنگ را تضعیف می‌کند و خواهان تعطیلی این جلسات شد. خمینی هم به هاشمی رفسنجانی، رئیس وقت مجلس، پیام داد که این جلسات متوقف شود؛ موضوعی که کدورت بیشتر روحانی با فرماندهان سپاه را در پی داشت.

سومین موضوعی که کدورت بین روحانی و فرماندهان سپاه را سبب شد، تشکیل قرارگاه خاتم‌الانبیا به عنوان قرارگاه اصلی هدایت جنگ در سال ۱۳۶۴ بود. قرارگاه خاتم قرار بود زیر نظر هاشمی رفسنجانی وظیفه هماهنگی بین ارتش و سپاه را برعهده داشته باشد. حسن روحانی هم از طرف هاشمی رفسنجانی به عنوان رئیس ستاد قرارگاه خاتم انتخاب شد. انتظار روحانی این بود که محسن رضایی، فرمانده سپاه و سرهنگ علی صیاد شیرازی، فرمانده نیروی زمینی ارتش، زیر نظر او به عنوان رئیس ستاد قرارگاه عمل کنند ولی در عمل، محسن رضایی حاضر نبود روحانی را به عنوان مافوق خود بپذیرد و نپذیرفت. با وجود آنکه فرماندهان ارتش از فرماندهی قرارگاه خاتم تبعیت بیشتری داشتند ولی فرماندهان سپاه و به‌ویژه محسن رضایی، حاضر نبودند روحانی را به عنوان مقام بالاتر بپذیرند. حتی شواهد تاریخی نشان می‌دهد که فرماندهان سپاه حاضر به تبعیت تام و کامل از رفسنجانی نیز نبوده‌اند.

چهارمین موضوعی که کدورت تاریخی بین حسن روحانی و فرماندهان سپاه را دامن زد، موضوع بازپس‌گیری فاو در سال ۱۳۶۷ از سوی عراق بود. حسن روحانی معتقد است محسن رضایی و فرماندهان سپاه در سقوط فاو اهمال و کوتاهی کرده‌اند؛ امری که فرماندهان سپاه آن را رد می‌کنند.

در تمام سال‌های بعد از جنگ ایران و عراق هم چالش‌های روحانی و فرماندهان سپاه ادامه یافت. روحانی در دوره ریاست جمهوری هاشمی رفسنجانی و محمد خاتمی، ۱۶ سال دبیر شورای عالی امنیت ملی بود که فرمانده سپاه هم عضو این شورا بود؛ ولی فرماندهان سپاه با نوعی بی‌اعتمادی به تفکرات و نظرات حسن روحانی می‌نگریستند و او را همانند رفسنجانی طرفدار برقراری رابطه با آمریکا می‌دانستند؛ در حالی که سپاه به عنوان یکی ازمدافعان و حامیان اصلی سیاست ضدآمریکایی در جمهوری اسلامی شناخته می‌شود.

اختلاف بر سر نوع نگاه به آمریکا در دوران ریاست جمهوری حسن روحانی نیز به چالش جدیدی بین او و فرماندهان سپاه تبدیل شد. هنگامی که حسن روحانی در دوره اول ریاست جمهوری خود توافق هسته‌ای را با گروه پنج به علاوه یک از جمله آمریکا امضا کرد، سپاه پاسداران در نقش یکی از مخالفان جدی رویکرد روحانی در مذاکرات هسته‌ای ظاهر شد. تنها چند روز پس از امضای توافق برجام، نیروی هوافضای سپاه پاسداران با نوشتن شعار نابودی اسرائیل بر موشک‌هایش، آزمایش‌های موشکی جنجالی خود را شروع کرد؛ اقدامی که در محافل خبری و سیاسی علیه توافق برجام ارزیابی شد.

فرماندهان مختلف سپاه نیز در مخالفت با برجام اظهارنظر کردند. در حالی که حسن روحانی نوعی برجام منطقه‌ای و داخلی را در نظر داشت، فرماندهان سپاه مخالفت علنی خود را با برجام‌های دیگر اعلام کردند. قاسم سلیمانی، فرمانده وقت نیروی قدس، بخش خارجی سپاه، یکی از این فرماندهان بود. نیروی قدس به فرماندهی قاسم سلیمانی در عمل روی وزارت خارجه روحانی و محمدجواد ظریف، وزیر وی، سایه انداخته بود. حوزه‌های اصلی سیاست خارجی ایران از جمله  پرونده چالش‌های جمهوری اسلامی و آمریکا، ایران و عربستان، ایران و اسرائیل،  کلیت سیاست خاورمیانه‌ای ایران و ارتباط با شبکه نیروهای نیابتی در ایران در مناطقی چون عراق، سوریه، لبنان، یمن و افغانستان در کنترل نیروی قدس بود (و هست) و وزارت خارجه و دولت روحانی  در عمل در این حوزه‌ها فقط نقش لجستیک و تدارکاتچی برای نیروی قدس را داشتند. انتشار فایل صوتی مصاحبه محمدجواد ظریف با سعید لیلاز، روزنامه‌نگار، ثابت کرد که وزارت خارجه دولت روحانی و حتی شخص وی در حوزه خاورمیانه و چالش با آمریکا، عربستان و اسرائیل پیرو نظر سپاه و فرماندهان آن بوده‌اند.

البته جدای از این چالش‌ها، حسن روحانی در موارد بسیاری با سپاه پاسداران همسو و هم‌نظر بوده است. دو مورد از مهم‌ترین آن‌ها، سرکوب اعتراض‌های مردمی سال‌های ۱۳۷۸ و ۱۳۹۸ است. در اعتراض‌های سال ۱۳۷۸ که با حمله لباس شخصی‌ها به کوی دانشگاه تهران شروع شد، حسن روحانی به عنوان دبیر وقت شورای عالی امنیت ملی در تریبون نماز جمعه، از سرکوب معترضان و در واقع دانشجویان از سوی سپاه و یگان‌های تحت امرش مانند بسیج حمایت کرد. در وقایع آبان ۱۳۹۸ هم که در اعتراض به افزایش یک‌باره قیمت بنزین شروع  و به سراسر کشور کشیده شد، حسن روحانی به عنوان رئیس‌جمهور و رئیس شورای عالی امنیت ملی در سرکوب معترضان در کنار علی خامنه‌ای و فرماندهان سپاه پاسداران قرار گرفت. این همسویی به نوعی در پرونده سرنگونی هواپیمای اوکراینی و کشته شدن ۱۷۶ سرنشین آن توسط سپاه هم تکرار شد.

در حالی که روحانی و دولتش تبلیغ می‌کردند که خواهان گفتن حقیقت به مردم‌اند ولی وزارت خارجه دولت روحانی در دوره ۱۸ ماهه‌ای که از سرنگونی هواپیمای اوکراینی گذشته است، سرپرستی تلاش‌های حقوقی بین‌المللی نهادهای مختلف جمهوری اسلامی برای جلوگیری ازکشف حقیقت و اجرای عدالت و به نتیجه رسیدن این پرونده را برعهده داشته است. 

روحانی در مجموع در حالی دولت و منصب ریاست جمهوری را ترک می‌کند که چالش تاریخی او با فرماندهان سپاه همچنان ادامه دارد و کدورت بین آن‌ها بیشتر و بی‌اعتمادی متقابل آن‌ها گسترده‌تر شده است؛ اگرچه هم فرماندهان سپاه و هم روحانی در ضرورت سرکوب معترضان و حفظ جمهوری اسلامی وحدت نظر دارند و در موقع نیاز در کنار یکدیگر قرار می‌گیرند.