در سال ۵۷ تنها حدود چهار دهه از تاسیس اولین دانشگاه مدرن در ایران (دانشگاه تهران ١۳١۳) گذشته بود. نه تنها علوم طبیعی و ریاضی، بلکه علوم انسانی و اجتماعی تازه‌پا بودند و هنوز نهادهای دانشگاهی نتوانسته بودند ارتباطی اندام‌وار با دیگر نهادهای اجتماعی برقرار کنند. دانشگاه و علم از اموری نیستند که به‌سرعت در جامعه‌ای که اکثر شهروندان آن بی‌سوادند و نهادهای تحقیقاتی و صنعت و کشاورزی رشد قابل‌توجهی نداشته‌اند، رشد و توسعه پیدا کند. 

در چنین شرایطی بود که روحانیون با بدبینی به همه نهادهای جدید که جای ادعاهای آن‌ها را در اداره همه امور دینی و دنیوی آدمیان تنگ کرده بود، آنان و کسانی که خود را در برابر دانش و فلسفه مدرن در خطر انقراض می‌دیدند برای این که حرفی در این زمینه داشته باشند (چون هنوز این علوم را به‌درستی نمی‌شناختند) از فرمول همیشگی استفاده کردند: «دانشگاه و علم و فناوری غربی است و باید آن‌ها را از نو با ایدئولوژی ساخت»، یا «دانش ما وارداتی است» یا «به اندازه کافی رشد نکرده‌ا‌یم». از این رو، انقلاب فرصتی به دست اهل ایدئولوژی و در سودای کسب قدرت و منزلت و ثروت از طریق میان‌بر داد تا انتقام چند دهه‌ای خود را از نهادهای جدیدی که قراربود آن‌ها را بلاموضوع سازند، بگیرند. 

برای بی‌اعتبار کردن این نهادهای تازه‌پا روحانیت انقلابی و برخی دیگر به مقایسه دانشگاه‌ها در غرب و ایران می‌پرداختند، غربی که مورد تنفر آن‌ها و مظهر فساد و استعمار و استثمار بود. آن‌ها ادعا می‌کردند که دانشگاه در ایران موجب پیشرفت نشده است و این را به مدیریت و فضای آزادی اجتماعی و دانشگاهیان تحصیل‌کرده در غرب نسبت می‌دادند؛ گویی با جداسازی و حجاب و برگزاری نماز و استخدام روحانیون و اخراج استادان و دانشجویان سکولار، علم و دانش پیشرفت خواهد کرد. خمینی و نزدیکانش در این موضوع نیز به جای حمله به علم و دانش جدید (هدف اصلی)، آن‌ها را غربی و استعماری معرفی می‌کردند، مثل آزادی و دموکراسی و حقوق بشر. همه تمدن جدید شیطانی معرفی می‌شد، چون از غرب آمده بود. 

مخاطبان این تبلیغات سیاه نیز با عِرق شرق‌گرایی و دین‌گرایی و استقلال‌طلبی رویاگونه، آن سخنان و مواضع را جدی می‌گرفتند. آن‌ها نمی‌دانستند که روحانیت و اسلام‌گرایی با علم و دانش چه خواهد کرد و در عین حال، روحانیونی را که هیچ نسبتی با توسعه و دانش جدید نداشتند، مبشران نیل به پیشرفت علمی و فنی تصور می‌کردند. البته اگر مارکسیست‌ها هم قدرت را به دست می‌گرفتند، شاید تفاوت زیادی نمی‌کرد، چون تجربه آن‌ها را در اتحاد جماهیر شوروی و اقمار آن دیده‌ایم. 

خمینی و هوادارانش برای تخریب دانشگاه و علم و دانش نوین، طرح اسلامی‌سازی دانش و دانشگاه را پس از دو سال تعطیلی دانشگاه‌ها تحت عنوان غلط‌انداز «انقلاب فرهنگی» اجرا کردند. در اسلامی‌سازی دانشگاه، مخالفان (در میان دانشجویان، استادان، و کارکنان) باید حذف، و نیروهای تازه گزینش ایدئولوژیک می‌شدند. در اسلامی‌سازی علم، نخست قرار بود همه علوم و فنون «اسلامی» شوند. بعد خود آن‌ها متوجه شدند که با فیزیک و شیمی و ریاضی و طب و مهندسی نمی‌توانند چنین کنند. آنچه برای آن‌ها ماند علوم انسانی و اجتماعی بود، که برای آن‌ها می‌توانستند از تفسیر و حدیث و نوشته‌های روحانیون مشابهاتی پیدا کنند. چهار دهه این داستان ادامه داشته و تنها نتیجه‌اش، نابودی این علوم بوده است. 

سه تجربه متمایز گروهی برای اسلامی‌سازی علم در ایران قابل ذکر است که البته محصولات آن‌ها هیچ ارزشی ندارند. هزاران میلیارد تومان (به نرخ امروز) در این زمینه صرف شد که درست مثل انداختن طلا به میان دریا است. این سه تجربه که با منابع عمومی حمایت می‌شدند، درسی برای جامعه بشری است که آن را تکرار نکنند:

۱. آکادمی علوم اسلامی

منیرالدین حسینی شیرازی پس از بسته شدن دانشگاه‌ها در ایران در سال ۱۳۵٩، یک آکادمی برای تاسیس علوم اسلامی ایجاد کرد. او در جلساتی که در دانشگاه‌های بزرگ کشور داشت، تعدادی از استادان و دانشجویان را جذب کرد. او سپس در سال ۱۳۶۲ «دفتر مجامع مقدماتی فرهنگستان علوم اسلامی» را بنیان نهاد تا به تولید مقدمات علوم اسلامی بپردازند. او و همراهانش در ابتدا می‌خواستند حتی ریاضیات و فیزیک و الکترونیک را نیز اسلامی کنند، اما به تدریج از این افکار جاه‌طلبانه که هیچ اثری از آن‌ها در متون دینی نیست، دست برداشتند. او در در پایان دهه ۶۰ دیدگاه خود را تحت عنوان «فلسفه نظام فاعلیت» مطرح کرد و پس از توفیق نیافتن در ایجاد علوم اسلامی، بدانجا رسید که روش‌هایی برای تولید علم بر اساس دیدگاه خود عرضه کند. 

دو دهه بعد، اثری از کار او و همراهانش حتی در دانشگاه‌های دوزیست (جامعه الصادق یا دانشگاه مفید) به چشم نخورد. کارهای او حتی در سرسخت‌ترین معتقدان به اسلامی کردن علوم تاثیری نداشت. 

۲. سازمان سمت

سازمات مطالعه و تدوین کتب علوم انسانی دانشگاه‌ها، در سال ۱۳۶۴ به عنوان یكی از سازمان‌های وابسته به وزارت علوم، تحقیقات و فن‌آوری تاسیس شد تا بر اساس اسلام برای دانشگاه‌ها کتب درسی تدوین کند. این پروژه با پروژه آکادمی علوم اسلامی از سه منظر تفاوت داشت: نخست، تمرکز بر هدفی ملموس‌تر (که تدوین کتب درسی بود و از هدف تخیلی تولید علم تا حدی فاصله می‌گرفت)، دوم، وابستگی کامل به وزارت علوم و آموزش عالی (که آن را از حیث بودجه و سازمان اداری در موقعیت برتری قرار می‌داد)، و سوم، تضمین بازار برای تولیدات (که وزارت علوم با تدوین برنامه درسی می‌توانست تضمین کننده آن باشد). مصباح یزدی و شاگردانش در کنار اسلام‌گراهای دانشگاهی، در این پروژه حضور جدی داشتند. 

این پروژه نیز با آن که منجر به تولید صدها کتاب شده است، اما تولیدات آن همه باید به عنوان فصلی سیاه از تاریخ دانشگاه آرشیو شوند، چون اسلام در هر سطحی، از کلام و الهیات تا فقه و تفسیر، نسبتی با علوم انسانی و اجتماعی ندارد. اسلام چارچوبی برای تبلیغ ایده‌ها و باورهایی خاص (فراعلمی یا غیرعلمی، هر طور که می‌خواهید تصور کنید) است؛ بدون امکان تحقیق پذیری، اما علم مبتنی است بر مشاهده و تجربه و روش علمی. این‌ها هیچ‌گاه به یکدیگر تبدیل نخواهند شد. اسلامی کردن علم مثل آن است که بگوییم می‌خواهیم افسانه‌ها را مشاهده‌پذیر و ‌تجربه‌شدنی کنیم، یا ایمان افراد را در آزمایشگاه اندازه بگیریم. با برهم ریختن مرز میان این دو، نه افسانه و ایمان علمی می‌شود و نه علم افسانه‌ای و ایمانی. 

آثار تولید شده ملغمه‌ای است از آیه و حدیث که یا توجیه کننده نظریه‌های علمی‌اند، یا نظریه‌های علمی‌ای که قرار است آیات و احادیث را علمی و مدرن جلوه دهند. با گذاشتن عمامه بر سر یک فیزیکدان، او به فردی مبلغ تبدیل نمی‌شود، همان طور که با گذاشتن آیه بر سر یک فصل از کتب درسی، آن فصل اسلامی نمی‌شود. 

سازمان سمت بعدها برای آن که به مضحکه تبدیل نشود، کتاب‌هایی درسی بدون توجه به گفتمان اسلامی‌سازی تولید کرد (مثل آموزش زبان انگلیسی یا ترجمه کتب دانشگاهی) تا توجیهی برای بودجه‌هایش پیدا کند. البته اسلام‌گرایان برای اسلامی‌سازی، روسری و چادر بر سر زنان حاضر در عکس‌های این کتاب‌ها کرده‌اند و در مطالب نیز برخی تبلیغات سیاسی جمهوری اسلامی ایران را جا می‌دادند و در صفحه اول «بسم الله» می‌گذاشتند. اسلامی‌سازی در این حوزه نیز در نهایت به حجاب اجباری و جداسازی و تبلیغ خانه‌داری زنان و نشان دادن آن‌ها در اندرونی و نشان ندادن نوشیدنی در کتب درسی، یا گذاشتن عکس‌هایی از مراکز مذهبی منجر شد. نمی‌شد کسانی ادعای اسلامی‌سازی داشته باشند و هیچ کاری در حوزه اعمال شریعت انجام ندهند. 

۳. نقشه جامع علمی کشور 

پس از سه دهه شکست انقلابیون در اسلامی کردن علوم، دولت احمدی‌نژاد یک بار دیگر کوشید تا آن پروژه را اجرا کند. شورای عالی انقلاب فرهنگی در سال ۱۳۸۸ با تاسیس شورای تخصصی تحول و ارتقای علوم، یک بار دیگر پروژه اسلامی‌سازی دانشگاه‌ها را کلید زد. دیدگاه اسلامی‌سازی علوم در سند نقشه جامع علمی کشور تعیُن یافت تا کارگزاران را به این امر وادار کند، اما آن برنامه ایدئولوژیک نیز به سرعت فراموش شد. در این دوره بسیاری از رشته‌های علوم انسانی حذف، و برخی از استادان علوم انسانی و اجتماعی اخراج شدند، اما این امر هم تاثیری در اسلامی‌سازی علوم و دانشگاه‌ها نداشت. مقام‌ها این بار می‌خواستند رشته‌هایی را که نمی‌توانستند اسلامی کنند، تعطیل کنند، که خود نوعی اعتراف به شکست در پیشبرد پروژه اصلی بود. 

هر سه تجربه نشان می‌دهند که نه ایدئولوژی را می‌توان به علم تبدیل کرد و نه علم را به ایدئولوژی. حتی انرژی آزادشده پس از انقلاب و امکان انواع تجربه‌ها از سوی انقلابیون (با اتکا بر منابع و سازمان دولت)، بدون پاسخ‌گویی نتوانست این پروژه ناممکن را ممکن سازد. 

در حوزه‌های غیر علوم انسانی و علوم اجتماعی، تلاشی این‌گونه صورت نگرفت، اما در آن حوزه‌ها با تصفیه استادان و دانشجویان، سپس با وارد کردن دانشجویان سهمیه‌ای، و بعد تزریق مقام‌ها و مدیران به تحصیلات تکمیلی، حکومت دانشگاه‌های کشور را به ویرانه‌ای تبدیل کرد. امروز اکثر مقام‌ها و روحانیون و بسیجیان و حتی لات‌ها و اراذل و اوباش و شکنجه‌گران مدرک «دکتری» و در دانشگاه عنوان استاد دارند. تحصیلات عالیه شکلات دیگری بود که در کنار قدرت و ثروت، در انحصار اسلامگرایان قرار گرفت. 

انقلابیون ایرانی دانش و آگاهی محض را که در قالب علم و فلسفه جدید تجسم می‌یابد، از جامعه گرفتند و به جای آن آگاهی کاذب (ایدئولوژی)، فلسفه کاذب (کلام و اعتقادات)، و دانش کاذب (مثل نظرسازی‌های سپاه/ دستگاه‌های امنیتی) به جامعه فروختند. علم و فلسفه در باب واقعیت موجود، به دو روش گوناگون به کنکاش و فهم می‌پردازند، اما ایدئولوژی و دین به دنبال آن‌اند که دنیایی خیالی را به‌جای دنیای واقعی به مردم بباورانند. دیدن عکس خمینی در ماه، اوج این خیال‌فروشی در جامعه ایران بود.