سحرگاه ۲۷ سپتامبر ۱۹۹۶ شهروندان کابل با چهره‌های خشن و تازه‌ای در سطح شهر رو‌به‌رو شدند. گروه طالبان از اواخر شب دسته دسته وارد شهر کابل شده و تا صبح ۲۷ سپتامبر تمام شهر را به کنترل خود درآورده بودند.

مسئله دیگری که آن روز را در تاریخ ماندگار کرد، آویزان بودن دو جسد از ایستگاه ترافیک در فلکه آریانا در فاصله صد متری ارگ شاهی کابل بود. طالبان در همان نیمه‌شب ورود به شهر، نخست به دفتر نمایندگی سازمان ملل متحد رفته بودند و دکتر نجیب‌الله، رئیس‌جمهوری سابق افغانستان، را همراه با برادرش بیرون آورده و پس از کشتن، در ملاعام به دار آویخته بودند.

در پی سقوط شهر کابل، بخش عمده‌ای از افغانستان، جز شمال کشور، زیر سلطه طالبان درآمد. این گروه بخشی از کابینه خود را به کابل انتقال داد و جز ملا عمر، که در آوریل همان سال در نشست آخوندهای طرفدار طالبان به مقام امیرالمومنین انتخاب شده بود، بقیه به کابل آمدند.

طالبان از سپتامبر ۱۹۹۶ تا دسامبر ۲۰۰۱ آشکارا به‌صورت دولت در افغانستان حکمروایی کردند. چند کشور معدود، از جمله پاکستان و امارات متحده عربی نیز طالبان را به رسمیت شناختند. با این حال، رویکرد طالبان به‌گونه‌ای بود که نتوانستند توجه جهان را برای مشروعیت خود جلب کنند. گروه طالبان با پناه دادن به اسامه بن لادن، زمینه فعالیت القاعده را در افغانستان فراهم کردند. این شبکه پایگاه‌های آموزشی فراوانی در افغانستان ایجاد کرد و پیروانش از سراسر جهان برای آموزش فعالیت‌های تروریستی به افغانستان آمدند. 
قتل دکتر نجیب‌الله 
در مورد دلایل قتل دکتر نجیب‌الله، آخرین زمامدار زیر حمایت روس‌ها، گزارش‌ها و مطالب فراوانی نوشته شده است. خیلی‌ها قتل او را به سازمان استخبارات (اطلاعات) پاکستان ربط می‌دهند و برخی نیز آن را حاصل اختلاف دکتر نجیب‌الله با تعدادی از اعضای جناح خلق حزب دموکراتیک افغانستان می‌دانند که در صفوف طالبان حضور داشتند.

رازق مامون، نویسنده و روزنامه‌نگار افغان، در کتابی به نام «راز خوابیده» که در مورد قتل دکتر نجیب نوشته است، قتل او را به دستور شهنواز تنی، وزیر دفاع دوره دکتر نجیب می‌داند که در سال ۱۹۹۰ علیه نجیب اقدام به کودتا کرد، که نافرجام بود. مامون نوشته است که شهنواز تنی پس از شکست خوردن کودتا به پاکستان رفت و بعدها جذب گروه طالبان شد. او همراه با پیش قراول‌های طالبان وارد کابل شد و قتل دکتر نجیب را برنامه‌ریزی کرد.

گفته می‌شود احمد شاه مسعود، فرمانده نیروهای ضد طالبان که دولت کابل را در اختیار داشت، در آخرین ساعت‌های تخلیه کابل در ۱۹۹۶ از دکتر نجیب‌الله خواسته بود که شهر را ترک کند، اما نجیب‌الله نپذیرفته بود. بسیاری بر این باورند که اعتماد دکتر نجیب‌الله به هم‌تبارانش، که حالا در چهره طالب وارد کابل می‌شدند، باعث شد که او از شهر خارج نشود. در پی قتل دکتر نجیب‌الله، کارنامه ۱۴ ساله او در حیات سیاسی افغانستان به پایان رسید.
پس از سقوط کابل، طالبان فشارها را بر شمال افغانستان افزایش دادند تا بتوانند سراسر افغانستان را به تصرف خود درآورند. آنان بالاخره تا اواخر ۲۰۰۰ بخش زیادی از افغانستان را تصرف کردند. اما هنوز سه چهار استان افغانستان همچنان در کنترل نیروهای وفادار به احمد شاه مسعود باقی مانده بود. در پی ترور احمد شاه مسعود در نهم سپتامبر ۲۰۰۱، امید طالبان به شکست دادن کامل نیروهای جبهه متحد شمال افزایش یافت.

اما فقط دو روز پس از قتل مسعود، القاعده حمله‌های یازده سپتامبر را بر آمریکا سازمان‌دهی و خونین‌ترین حمله تروریستی در تاریخ آمریکا را اجرا کرد. آمریکا برای انتقام‌گیری از القاعده به افغانستان لشکرکشی کرد و طالبان مجبور به فرار از افغانستان شدند. تا اواسط دسامبر ۲۰۰۱، طالبان کامل از افغانستان خارج شدند و زمینه برای ایجاد نظامی تازه در آن کشور فراهم شد.

با این حال، به باور کارشناسان سیاسی، نادیده گرفتن طالبان به‌عنوان قدرتی هرچند مضمحل‌شده در کنفرانس بن و نبود راهبردی مشخص برای حکومت در افغانستان، زمینه بازگشت این گروه به افغانستان را دوباره فراهم ساخت. طالبان از سال ۲۰۰۵ آهسته آهسته دوباره حضورشان را بر افغانستان تحمیل کردند. سیاست‌های متفاوت و گاه متناقض کشورهای قدرتمند دخیل در اوضاع افغانستان و حکومت نامناسب و ضعیف سیاستمداران افغان، فرصت را برای قدرت گرفتن دوباره طالبان فراهم ساخت.

از سال ۲۰۱۴ که نخستین بار بحث درباره خروج ناتو از افغانستان مطرح شد، این گروه حمله‌ به نیروهای امنیتی افغان و همکاران خارجی‌شان افزایش داد. طالبان حتی توانستند یک شهر بزرگ را در شمال افغانستان به تصرف درآورند. با این حال، آغاز روند صلح و تلاش برای مذاکره با طالبان این گروه را برای رسیدن دوباره به قدرت بیشتر امیدوار کرد. توافق دوحه و طرح انتقال قدرت از دولت جمهوری، بدون مشورت با دولت افغانستان، آخرین میخ را بر تابوت جمهوری زد.

همچنین، دولت آمریکا روند خروج نیروهایش را از افغانستان سرعت بخشید و حمایت لجستیکی نیروهای امنیتی افغانستان را نیز کاهش داد. در نتیجه، طالبان قدم به قدم به سوی شهرهای افغانستان نزدیک شدند و تا اواسط اوت ۲۰۲۱، تقریبا سراسر افغانستان جز کابل را تصرف کردند. در پانزدهم اوت ۲۰۲۱، محمد اشرف غنی، رئیس‌جمهوری وقت افغانستان، از کشور فرار کرد و طالبان وارد کابل شدند و رسما پایان دوره جمهوری را اعلام کردند. در سپتامبر همان سال، این گروه کابینه‌اش را علنی کرد و برخلاف توافق دوحه، اثری از تشکیل دولت فراگیر نبود. با اینکه هیچ کشوری حکومت طالبان را به رسمیت نشناخته است، این گروه روز به روز نفوذ خود را در افغانستان گسترش می‌دهد و همه مخالفانش را حذف کرده است. 
نگاه عمومی در مورد قدرت‌گیری طالبان در افغانستان بیشتر بر این مسئله تکیه دارد که ظهور طالبان و حکومت آن‌ها برآمد سیاست‌های منطقه‌ای و تخاصم قدرت‌های بزرگ در منطقه است. عده‌ای دیگر نیز بر این باورند که طالبان به‌دلیل نگرانی پشتون‌تبارها از اینکه حوزه قدرت و میراث ۳۰۰ ساله‌شان را از دست بدهند شکل گرفتند. ولی از هر منظری که به مسئله شکل‌گیری طالبان نگریسته شود، یک موضوع واضح است، و آن اینکه حضور طالبان در افغانستان این کشور را ده‌ها سال از چرخه پیشرفت جهان عقب انداخته است.