با وجود انکار مسئولان دولتی درباره آلودگی آب رود ارس و صید بی‌رویه و غیرقانونی در این رودخانه، شواهد حاکی از آن است که عوامل متعددی از جمله سدسازی، صید بی‌رویه و آلودگی آب تهدیدی جدی برای حیات ماهی‌های این رودخانه به شمار می‌روند.

رود ارس که زیستگاه بیش از ۳۰ گونه ماهی است، یکی از متنوع‌ترین رودخانه‌های ایران به لحاظ تنوع گونه‌های ماهی محسوب می‌شود. اکثر ماهی‌های این رودخانه به خانواده کپورماهیان تعلق دارند و این زیست‌بوم، محل زندگی بزرگ‌ترین ماهی آب‌های شیرین ایران، یعنی اسبله (نوعی گربه‌ماهی) نیز هست.

بنا بر گزارش میدانی خبرگزاری رکنا، طی سال‌های اخیر به دلیل صید بی‌رویه، ساخت سدها و آلودگی‌های زیست‌محیطی، جمعیت این گونه‌های ارزشمند به‌شدت کاهش یافته است. تعداد گونه‌های مهم دیگر مانند زردپر، ماش، سوف و سفید رودخانه‌ای هم که از نظر اقتصادی ارزشمندند، به‌شدت کاهش یافته و جایشان را به گونه مهاجم و غیربومی «کاراس» داده‌اند.

در حال حاضر، بیشتر صید در سدهای ارس از طریق تورهای پره انجام می‌شود که دو گونه غالب آن کاراس و کولمه‌اند. هرچند کولمه ماهی بومی رود ارس است، کاهش شدید گونه‌های شکارچی مانند زردپر، ماش و سوف باعث افزایش غیرمتوازن جمعیت کولمه و به هم خوردن تعادل اکولوژیکی رود ارس شده است.

با وجود داده‌های میدانی که نشان می‌دهند صید بی‌رویه و غیرمجاز از عوامل اصلی کاهش جمعیت ماهی‌ها است، محمد مقدم، مدیر سازمان شیلات و آبزیان استان آذربایجان غربی، مدعی شده که قاچاقچیان ماهی در این منطقه کاهش یافته‌اند و صید آبزیان اکنون به یکی از مشاغل پررونق در شمال استان آذربایجان غربی، به‌ویژه شهرستان پلدشت، تبدیل شده است. این مقام، در مهرماه ادعا کرد که صید غیرمجاز در روز به صفر و در شب بیش از ۵۰ درصد کاهش یافته است.

مسئولان دولتی آلودگی آب رودخانه ارس را هم انکار می‌کنند. با این حال، نتایج مطالعات دانشگاهی نشان می‌دهند که نزدیکی این رودخانه به نیروگاه اتمی ارمنستان موجب آلودگی آن به مواد رادیواکتیو شده است.

روزنامه پیام ما در گزارشی تحقیقی، با استناد به نتایج ۱۱ مطالعه طی سال‌های ۱۳۹۹ تا زمستان ۱۴۰۱، تایید کرد آب رودخانه ارس به مواد پرتوزا و فلزات سنگین و سمی مانند سرب و ترکیبات آن، آرسنیک، ترکیبات آلومینیوم، نیکل، مس، آهن، منگنز و ۵۳ آلاینده دیگر آلوده است.

این آلودگی علت اصلی افزایش شیوع سرطان در استان‌های شمال غرب ایران عنوان شده است. آمارهای وزارت بهداشت نیز از شیوع بالای سرطان معده در استان‌های اردبیل، آذربایجان شرقی و آذربایجان غربی خبر می‌دهند. با این حال، محمد اسلامی، رئیس سازمان انرژی اتمی، آلودگی ارس را تکذیب کرده و مدعی پایش مستمر آب رودخانه شده است.

کارشناسان علاوه بر آلودگی، سدسازی‌های بی‌رویه و غیراصولی را نیز از عوامل تهدید حیات گونه‌های جانوری رود ارس می‌دانند. با وجود هشدارها، ابراهیم رئیسی، رئیس دولت سیزدهم، در آخرین روز زندگی خود به جمهوری آذربایجان سفر کرد تا سد مشترک قیزقلعه‌سی را افتتاح کند.

سدسازی‌های ترکیه روی رود ارس هم به تهدیدی جدی برای ماهیان و محیط‌زیست منطقه تبدیل شده است. فرشید شکرخدایی، عضو کمیسیون انرژی اتاق بازرگانی، پیش‌تر هشدار داده بود که آبگیری سدهای ترکیه چالش‌های جدی در منطقه ایجاد خواهد کرد و در نهایت، مردم استان‌های اردبیل، آذربایجان شرقی و آذربایجان غربی را به مهاجرت اقلیمی وادار می‌کند.