اندکی پس از تایید خبر مرگ ابراهیم رئیسی، رئیس دولت سیزدهم و حسین امیرعبداللهیان، وزیر امور خارجه، جانشین‌های موقت آن‌ها اعلام شدند و با موافقت علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی، محمد مخبر، معاون اول رئیس دولت سیزدهم، مدیریت امور دولت را برعهده گرفت و علی باقری کنی سرپرست موقت وزارت امور خارجه شد.

بنا به اصل ۱۳۱ قانون اساسی جمهوری اسلامی، چنانچه رئیس‌جمهوری وقت به دلیل فوت، بیماری، غیبت یا هر دلیل دیگری قادر به انجام دادن وظایفش نباشد، در صورت موافقت رهبر جمهوری اسلامی، معاون اول او به عنوان «رئیس‌جمهوری موقت»، عهده‌دار وظایف رئیس‌جمهوری خواهد شد. این رئیس‌جمهوری موقت نیز در همکاری با شورایی متشکل از رئیس قوه قضاییه و رئیس مجلس، موظف‌ است ظرف مدت ۵۰ روز، زمینه را برای انتخابات و تعیین رئیس‌جمهوری بعدی فراهم کند.

علی خامنه‌ای روز دوشنبه ۳۱ اردیبهشت در پیامی، کشته شدن ابراهیم رئیسی را تسلیت گفت و ضمن اعلام پنج روز عزای عمومی، مدیریت قوه مجریه را به محمد مخبر سپرد و او را موظف کرد که در همراهی با روسای قوه قضاییه و مقننه، ترتیبی اتخاذ کند که «ظرف حداکثر ۵۰ روز رئیس‌جمهوری جدید انتخاب شود».

بر اساس گزارش رسانه‌های داخل ایران، پس از اعلام خبر مرگ ابراهیم رئیسی و همراهانش، جلسه فوق‌العاده سران قوا با حضور محمدباقر قالیباف، رئیس کنونی مجلس، و غلامحسین محسنی‌ اژه‌ای، رئیس قوه قضاییه، به میزبانی محمد مخبر برگزار شد. پس از آن نیز علی بهادری جهرمی، سخنگوی دولت، اعلام کرد که محمد مخبر در حکمی علی باقری کنی را به عنوان سرپرست موقت وزارت امور خارجه منصوب کرده است. 

باقری کنی معاون امیرعبداللهیان و سرپرست تیم جمهوری اسلامی در مذاکرات هسته‌ای بود.

با گذشت چند ساعت از تایید خبر مرگ ابراهیم رئیسی و همراهانش در حادثه سقوط هلی‌کوپتر، گمانه‌زنی‌ها درباره علت حادثه و گزینه‌های احتمالی ریاست‌جمهوری بعدی افزایش یافته است.

هرچند مطابق با قانون، فرایند انتخاب رئیس‌جمهوری بعدی چندان سخت نیست، چالش‌های فعلی جمهوری اسلامی گذار از این مرحله را برای حاکمیت بسیار دشوار می‌کند. به خصوص اینکه ابراهیم رئیسی در مدت استقرار در دولت سیزدهم، سطح انزجار عمومی از جمهوری اسلامی را به بالاترین حد رساند.

اکنون در حالی‌ که عموم مردم ایران مرگ رئیسی را فرصتی برای ایجاد تغییرات بزرگ و اساسی در کشور می‌دانند، دغدغه اصلی رژیم حفظ بقا است.